※ 引述《piimaila (haha)》之銘言： : ※ 引述《penx (...)》之銘言： : : Merck可以在一天之內，篩選超過200萬個compounds : : 這是多麼驚人的速度？ : : 如果利用電腦的modeling ，不管是docking也好，QSAR也罷 : : 甚至是pharmacophore based也可以 : : 不僅現今的超級電腦的速度沒有辦法這麼快之外， : : 出來的結果還是一個沒有辦法證實的結果 : : 請問以藥廠的角度來說，HTS是眼見為憑的結果 : : 這樣她該相信誰？ : 基本上我不是學生物 但是幫別人搞過一些小程式 看到這篇 : 我有點疑問 請問 假設以docking來說 以現在比較高檔的個人電腦 : 作一個大概要1hr : 這樣假設我要達到 200萬個/天 實驗結果 差不多要10萬台 (我文中說的200萬個每天，是說實際assay喔...:P) : 雖然不見得沒有地方擺 : 5U機櫃可以擺12片刀鋒 粗估 100坪的機房的機器可以達到 : 大概最便宜也要 50億成本的電腦 : 這這樣以電腦作docking有啥價值呢? 可以說有點搞笑了不是? 那來說說我知道的計算好了 我不知道原PO之前的docking是用什麼樣的機器. 或是什麼樣的程式 甚至是什麼樣的演算法在進行？ 甚至是要docking的小分子的複雜度(尤其是conformer的影響) 也都會對計算速度有所影響 就我之前的經驗，用Gold這個程式(沒記錯應該是GA的演算法) 加上SGI-3900 32顆CPU全速作平行運算的話 一顆CPU一天大約可以docking一萬個小分子 印象中，好像一星期可以做完200萬個分子吧@@ (而且SGI-3900 有2T的記憶體，4T的硬碟，大小應該比大冰箱大不了多少..:P) 一般如果沒有辦法用SGI的機器跑的話， 好像都是用許多PC作cluster，台灣的老師應該動不動都有個幾十台串連吧 我知道國外有到上百台規摸的PC Cluster (看起來是非常壯觀啦...) 當初我到上海蔣華良老師那邊去的時候... 他們有一位博士後在發展docking的演算法跟程式 他們當時(大約三四年前)號稱發展的程式是最快最準的(除了在賣的軟體之外啦) 大約一個小分子花費一顆CPU 10秒的時間 所以粗估一下 一台PC一天可以大約可以算8000個小分子 40台PC串連，一天可以算300000個，大約7天就可以算完200萬個啦.. XD 不知道這樣有沒有給您解答到了呢？ --

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