※ 引述《piimaila (haha)》之铭言： : ※ 引述《penx (...)》之铭言： : : Merck可以在一天之内，筛选超过200万个compounds : : 这是多麽惊人的速度？ : : 如果利用电脑的modeling ，不管是docking也好，QSAR也罢 : : 甚至是pharmacophore based也可以 : : 不仅现今的超级电脑的速度没有办法这麽快之外， : : 出来的结果还是一个没有办法证实的结果 : : 请问以药厂的角度来说，HTS是眼见为凭的结果 : : 这样她该相信谁？ : 基本上我不是学生物 但是帮别人搞过一些小程式 看到这篇 : 我有点疑问 请问 假设以docking来说 以现在比较高档的个人电脑 : 作一个大概要1hr : 这样假设我要达到 200万个/天 实验结果 差不多要10万台 (我文中说的200万个每天，是说实际assay喔...:P) : 虽然不见得没有地方摆 : 5U机柜可以摆12片刀锋 粗估 100坪的机房的机器可以达到 : 大概最便宜也要 50亿成本的电脑 : 这这样以电脑作docking有啥价值呢? 可以说有点搞笑了不是? 那来说说我知道的计算好了 我不知道原PO之前的docking是用什麽样的机器. 或是什麽样的程式 甚至是什麽样的演算法在进行？ 甚至是要docking的小分子的复杂度(尤其是conformer的影响) 也都会对计算速度有所影响 就我之前的经验，用Gold这个程式(没记错应该是GA的演算法) 加上SGI-3900 32颗CPU全速作平行运算的话 一颗CPU一天大约可以docking一万个小分子 印象中，好像一星期可以做完200万个分子吧@@ (而且SGI-3900 有2T的记忆体，4T的硬碟，大小应该比大冰箱大不了多少..:P) 一般如果没有办法用SGI的机器跑的话， 好像都是用许多PC作cluster，台湾的老师应该动不动都有个几十台串连吧 我知道国外有到上百台规摸的PC Cluster (看起来是非常壮观啦...) 当初我到上海蒋华良老师那边去的时候... 他们有一位博士後在发展docking的演算法跟程式 他们当时(大约三四年前)号称发展的程式是最快最准的(除了在卖的软体之外啦) 大约一个小分子花费一颗CPU 10秒的时间 所以粗估一下 一台PC一天可以大约可以算8000个小分子 40台PC串连，一天可以算300000个，大约7天就可以算完200万个啦.. XD 不知道这样有没有给您解答到了呢？ --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 123.110.64.99 ※ 编辑: penx 来自: 123.110.64.99 (07/09 07:31)