作者HXZ (衝了啊~)
看板perl
標題[問題] bioperl的問題
時間Wed May 3 20:41:41 2006
我寫了一個script 就是從NCBI上把DNA sequence抓回來，利用我手上有的accession#
抓下來的sequence分別要存成txt檔和放進MySQL
但是發生很詭異的事情...就是我如果在linux執行一切都ok
但是如果是在windows下跑的話txt檔變成空空如也...但是MySQL的寫入都沒問題
可以麻煩各位高手幫我看看是怎麼回事嗎?還是單純是activeperl的bug?
程式如下:
use DBI;
$dbh = DBI->connect('dbi:mysql:database=excel', 'user', 'password');
use Bio::Seq;
use Bio::DB::GenBank;
$db_obj = Bio::DB::GenBank->new;
open FH, "new_acc.txt";
open OUT, ">>new_acc_seq.txt";
LINE:
while (<FH>)
{
chomp;
$seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc($_);
$seq = $seq_obj->seq;
print OUT $_, "\t", $seq, "\n";
$sql = "INSERT INTO all_acc VALUES ('$_', '$seq')";
$dbh->do($sql);
}
close OUT;
close FH;
$dbh->disconnect;
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◆ From: 140.109.40.71
1F：推 chhuang:linux windows 都正常 05/03 21:58
2F：推 HXZ:嗯 我發現是windows不會即時寫入每一筆資料... 05/04 00:49
3F：→ HXZ:因為我東西很多所以我跑的中間就會先去開結果來看.... 05/04 00:50
4F：→ HXZ:在windows下似乎要全部跑完結果才會一次寫入檔案... 05/04 00:51