作者HXZ (冲了啊~)
看板perl
标题[问题] bioperl的问题
时间Wed May 3 20:41:41 2006
我写了一个script 就是从NCBI上把DNA sequence抓回来，利用我手上有的accession#
抓下来的sequence分别要存成txt档和放进MySQL
但是发生很诡异的事情...就是我如果在linux执行一切都ok
但是如果是在windows下跑的话txt档变成空空如也...但是MySQL的写入都没问题
可以麻烦各位高手帮我看看是怎麽回事吗?还是单纯是activeperl的bug?
程式如下:
use DBI;
$dbh = DBI->connect('dbi:mysql:database=excel', 'user', 'password');
use Bio::Seq;
use Bio::DB::GenBank;
$db_obj = Bio::DB::GenBank->new;
open FH, "new_acc.txt";
open OUT, ">>new_acc_seq.txt";
LINE:
while (<FH>)
{
chomp;
$seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc($_);
$seq = $seq_obj->seq;
print OUT $_, "\t", $seq, "\n";
$sql = "INSERT INTO all_acc VALUES ('$_', '$seq')";
$dbh->do($sql);
}
close OUT;
close FH;
$dbh->disconnect;
--
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◆ From: 140.109.40.71
1F：推 chhuang:linux windows 都正常 05/03 21:58
2F：推 HXZ:嗯 我发现是windows不会即时写入每一笔资料... 05/04 00:49
3F：→ HXZ:因为我东西很多所以我跑的中间就会先去开结果来看.... 05/04 00:50
4F：→ HXZ:在windows下似乎要全部跑完结果才会一次写入档案... 05/04 00:51