作者seagal (待救的小米)
看板perl
標題Re: [問題]關於bioperl:::clustalW
時間Sat Oct 2 21:15:17 2004
你門是師大什麼系啊?
為什麼會做bioinformatic呢?
再多加一行
※ 引述《similai (西米露)》之銘言：
: ※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言：
: : 因為...沒有bioperl的版
: : 所以想在這裡問問看...不知道各位熟悉perl的大大
: : 能不能順便解惑...希望在這po問題..不會不太恰當^__^|||
: : 我希望能利用bioperl中的clustalW來做多重序列比對
: : 也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
: : 程式大約如下
: : @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
: : $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: : $inputfilename = 't/data/cysprot.fa';
: : $aln = $factory->align($inputfilename);
: : ......等
: : 跑了之後
: : 結果告訴我說我的參數有問題
: : 也就是第一行的地方...
: : 經過網路的查詢之後..我發現這個範例的參數是設給protein的
: : 因此我去找這個範例中的"cysprot.fa"檔>>>protein的FASTA檔<<<
: : 並且複製到相同的路徑下
: : 但在執行的時候他仍就告訴我參數"ktuple"&"matrix"有問題
: : 想請問各位大大我該如何解決...
: : 或者是各位有任何的多重序列比對的範例可以借我參考嗎??
: : 再或者..有任何好的網站或書可以推薦我自己去看??
: : ----
: : 很不好意思...因為自己摸了好久...又弄不懂...找不到人問
: : 所以只好到這個版來求救?希望有經驗的大大可以伸出援手..謝謝
: 你的code應該是沒有問題，bioperl-run的模組好像呼叫執行檔
: 都在/usr/local/bin裏下，除了它提的幾個軟體可以額外指定環境變數外
: (eg. phylip, blast, genscan, eponine)，
: 所以請check一下clustalw的執行檔是否存在 /usr/local/bin/clustalw
: 如果有安裝在其它目錄，做個symbolic link，
: 簡單用bioperl-run來跑clustalw的話，我的例子是：
: 假設我有三條sequence，放在test.faa如下：
: >test_1
: aasdfasdfadfasdfasdfasdfasdfasdf
: >test_2
: asdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfas
: >test_3
: adfasdfasdfasdfasdfasdfasdfa
: 我就這麼寫：
: use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
: @params = ('ktuple' => 2,
: 'matrix' => 'BLOSUM',
: 'output' => 'clustalw', #指定output format
: 'outfile' => 'test.aln'); #指定輸出檔案，可略
: $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: $inputfilename = 'test.faa';
: $aln = $factory->align($inputfilename); #為一個AlignIO，看你接著要做什麼
: .....
: 其實上面等於是執行：
: clustalw align -infile=test.faa -output=clustalw -output=clustalw -ktuple=2
: -matrix=BLOSUM -outfile=test.aln
: 就會得到一個file叫 test.aln
: CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment
: test_1 AASDFASDFA-DFASDFASDFASDFASDFASDF--
: test_2 -ASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFAS
: test_3 --ADFASDFASDFASDFASDFASDFASDFA-----
: :******* *******************
: ps. 你該不會是化學系的那個學弟吧！
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http://140.109.73.177/待救的小米.mht
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.73.177
1F：推 plankton:我是生物系的.是因為看ip所以知道我是師大 140.122.211.135 10/02
2F：→ plankton:的嗎?..另外一位大大我就不清楚是不是和我 140.122.211.135 10/02
3F：→ plankton:同校了.^______^..謝謝你回答我的問題 140.122.211.135 10/02