作者seagal (待救的小米)
看板perl
标题Re: [问题]关於bioperl:::clustalW
时间Sat Oct 2 21:15:17 2004
你门是师大什麽系啊?
为什麽会做bioinformatic呢?
再多加一行
※ 引述《similai (西米露)》之铭言：
: ※ 引述《plankton (我..凭什麽)》之铭言：
: : 因为...没有bioperl的版
: : 所以想在这里问问看...不知道各位熟悉perl的大大
: : 能不能顺便解惑...希望在这po问题..不会不太恰当^__^|||
: : 我希望能利用bioperl中的clustalW来做多重序列比对
: : 也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
: : 程式大约如下
: : @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
: : $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: : $inputfilename = 't/data/cysprot.fa';
: : $aln = $factory->align($inputfilename);
: : ......等
: : 跑了之後
: : 结果告诉我说我的参数有问题
: : 也就是第一行的地方...
: : 经过网路的查询之後..我发现这个范例的参数是设给protein的
: : 因此我去找这个范例中的"cysprot.fa"档>>>protein的FASTA档<<<
: : 并且复制到相同的路径下
: : 但在执行的时候他仍就告诉我参数"ktuple"&"matrix"有问题
: : 想请问各位大大我该如何解决...
: : 或者是各位有任何的多重序列比对的范例可以借我参考吗??
: : 再或者..有任何好的网站或书可以推荐我自己去看??
: : ----
: : 很不好意思...因为自己摸了好久...又弄不懂...找不到人问
: : 所以只好到这个版来求救?希望有经验的大大可以伸出援手..谢谢
: 你的code应该是没有问题，bioperl-run的模组好像呼叫执行档
: 都在/usr/local/bin里下，除了它提的几个软体可以额外指定环境变数外
: (eg. phylip, blast, genscan, eponine)，
: 所以请check一下clustalw的执行档是否存在 /usr/local/bin/clustalw
: 如果有安装在其它目录，做个symbolic link，
: 简单用bioperl-run来跑clustalw的话，我的例子是：
: 假设我有三条sequence，放在test.faa如下：
: >test_1
: aasdfasdfadfasdfasdfasdfasdfasdf
: >test_2
: asdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfas
: >test_3
: adfasdfasdfasdfasdfasdfasdfa
: 我就这麽写：
: use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
: @params = ('ktuple' => 2,
: 'matrix' => 'BLOSUM',
: 'output' => 'clustalw', #指定output format
: 'outfile' => 'test.aln'); #指定输出档案，可略
: $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: $inputfilename = 'test.faa';
: $aln = $factory->align($inputfilename); #为一个AlignIO，看你接着要做什麽
: .....
: 其实上面等於是执行：
: clustalw align -infile=test.faa -output=clustalw -output=clustalw -ktuple=2
: -matrix=BLOSUM -outfile=test.aln
: 就会得到一个file叫 test.aln
: CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment
: test_1 AASDFASDFA-DFASDFASDFASDFASDFASDF--
: test_2 -ASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFAS
: test_3 --ADFASDFASDFASDFASDFASDFASDFA-----
: :******* *******************
: ps. 你该不会是化学系的那个学弟吧！
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http://140.109.73.177/待救的小米.mht
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.73.177
1F：推 plankton:我是生物系的.是因为看ip所以知道我是师大 140.122.211.135 10/02
2F：→ plankton:的吗?..另外一位大大我就不清楚是不是和我 140.122.211.135 10/02
3F：→ plankton:同校了.^______^..谢谢你回答我的问题 140.122.211.135 10/02