作者plankton (我..憑什麼)
看板perl
標題Re: [問題]關於bioperl:::clustalW
時間Sat Oct 2 02:26:45 2004
※ 引述《seagal (待救的小米)》之銘言：
這位大大..首先非常謝謝你回答我的問題
: 這是我從tutorial cut下來的
: --------------------------------
: use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
: @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
: $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: $ktuple = 3;
: $factory->ktuple($ktuple); # change the parameter before executing
: $seq_array_ref = \@seq_array;
: # where @seq_array is an array of Bio::Seq objects
: $aln = $factory->align($seq_array_ref);
: --------------------------------
: 你要不要先學tutorial方式
: 先把序列存到@seq_array
: 再去MSA?
^^^?
很抱歉我不知道什麼是MSA..全文是...^_^||
關於tutorial的方式..我大都已經用過了..
所以這個我也試過了^_^|||...
: 這樣最保險 因為我想你也是做練習用途
那個....其實並不是上課練習用之類的...謝謝...對我來說非常重要
: 另外 我這邊有一些之前去國高教書的範例檔
: 剛好就沒有clustalW
: 但有其他範例 例如blast
: 都是確定可以跑的
: 看你有沒需要拿去練習
好啊~~實在太感謝了...有關blast的程式都好
多看看說不定能找出什麼端倪..謝謝你^_^
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