作者seagal (待救的小米)
看板perl
標題Re: [問題]關於bioperl:::clustalW
時間Sat Oct 2 01:05:45 2004
這是我從tutorial cut下來的
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use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
@params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
$factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
$ktuple = 3;
$factory->ktuple($ktuple); # change the parameter before executing
$seq_array_ref = \@seq_array;
# where @seq_array is an array of Bio::Seq objects
$aln = $factory->align($seq_array_ref);
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你要不要先學tutorial方式
先把序列存到@seq_array
再去MSA?
這樣最保險 因為我想你也是做練習用途
另外 我這邊有一些之前去國高教書的範例檔
剛好就沒有clustalW
但有其他範例 例如blast
都是確定可以跑的
看你有沒需要拿去練習
※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言：
: 因為...沒有bioperl的版
: 所以想在這裡問問看...不知道各位熟悉perl的大大
: 能不能順便解惑...希望在這po問題..不會不太恰當^__^|||
: 我希望能利用bioperl中的clustalW來做多重序列比對
: 也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
: 程式大約如下
: @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
: $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: $inputfilename = 't/data/cysprot.fa';
: $aln = $factory->align($inputfilename);
: ......等
: 跑了之後
: 結果告訴我說我的參數有問題
: 也就是第一行的地方...
: 經過網路的查詢之後..我發現這個範例的參數是設給protein的
: 因此我去找這個範例中的"cysprot.fa"檔>>>protein的FASTA檔<<<
: 並且複製到相同的路徑下
: 但在執行的時候他仍就告訴我參數"ktuple"&"matrix"有問題
: 想請問各位大大我該如何解決...
: 或者是各位有任何的多重序列比對的範例可以借我參考嗎??
: 再或者..有任何好的網站或書可以推薦我自己去看??
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: 很不好意思...因為自己摸了好久...又弄不懂...找不到人問
: 所以只好到這個版來求救?希望有經驗的大大可以伸出援手..謝謝
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