作者seagal (待救的小米)
看板perl
标题Re: [问题]关於bioperl:::clustalW
时间Sat Oct 2 01:05:45 2004
这是我从tutorial cut下来的
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use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
@params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
$factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
$ktuple = 3;
$factory->ktuple($ktuple); # change the parameter before executing
$seq_array_ref = \@seq_array;
# where @seq_array is an array of Bio::Seq objects
$aln = $factory->align($seq_array_ref);
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你要不要先学tutorial方式
先把序列存到@seq_array
再去MSA?
这样最保险 因为我想你也是做练习用途
另外 我这边有一些之前去国高教书的范例档
刚好就没有clustalW
但有其他范例 例如blast
都是确定可以跑的
看你有没需要拿去练习
※ 引述《plankton (我..凭什麽)》之铭言：
: 因为...没有bioperl的版
: 所以想在这里问问看...不知道各位熟悉perl的大大
: 能不能顺便解惑...希望在这po问题..不会不太恰当^__^|||
: 我希望能利用bioperl中的clustalW来做多重序列比对
: 也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
: 程式大约如下
: @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
: $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: $inputfilename = 't/data/cysprot.fa';
: $aln = $factory->align($inputfilename);
: ......等
: 跑了之後
: 结果告诉我说我的参数有问题
: 也就是第一行的地方...
: 经过网路的查询之後..我发现这个范例的参数是设给protein的
: 因此我去找这个范例中的"cysprot.fa"档>>>protein的FASTA档<<<
: 并且复制到相同的路径下
: 但在执行的时候他仍就告诉我参数"ktuple"&"matrix"有问题
: 想请问各位大大我该如何解决...
: 或者是各位有任何的多重序列比对的范例可以借我参考吗??
: 再或者..有任何好的网站或书可以推荐我自己去看??
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: 很不好意思...因为自己摸了好久...又弄不懂...找不到人问
: 所以只好到这个版来求救?希望有经验的大大可以伸出援手..谢谢
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