各位同學好 我是助教 在這邊跟各位同學講解一下 利用NCBI的資料庫 簡單的鑑定真菌的屬種 (其實包括細菌 動植物都有大量的資料庫) 先下載各菌的定序資料 http://homepage.ntu.edu.tw/~r99633016/123.rar 裡面有各個菌1~6的定序資料 副檔名為seq 可以用記事本打開(同txt檔 接下來 連到NCBI的網頁 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 點選BLAST(紅框 http://imgur.com/JC3ym 進入BLAST頁面 再點選nucleotide blast http://imgur.com/0KBzc 在enter query sequence的部份 貼上seq檔裡的序列 並在下面的database選取 others(nr etc.) http://imgur.com/EneSI 最後再按下最下面的 BLAST 按鈕 http://imgur.com/MJgDe BLAAAAAAAAAAST!! 然後 等!! http://imgur.com/T6YEF 等等 等等等 等等等等等等等 結果出來了~~~ http://imgur.com/0lUS6 顏色代表的序列間的相似度 顏色依序是紅>紫>綠>藍>黑(最不相似 往下捲可以看到各個相似序列的名字 將滑鼠放在紅條上也可以看到 http://imgur.com/Rlxrl BLAST的結果依據主要有兩個 一個是Score 代表的是序列比對 依照NCBI的運算方式 所給的分數 越高代表相似度越高 另一個是e value 代表的是 在所有database裡 隨機找到相似度極高的序列的機率為多少 越趨近於0代表在database裡所比對的序列越專一 依照圖中的結果 第一高分的是 unculture basidiomycete e value=0 所以先不考慮 第二高分的是Fomitopsis pinicola isolate......e value 也是0 所以我們趨向找有確定屬種的結果 再往下可以看到序列的基本資料 gb|AY854083.1| Fomitopsis pinicola isolate AFTOL-ID 770 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 25S ribosomal RNA gene, partial sequence AY854083.1代表的是這條序列在database裡的編號 可以看到我們所比對到的序列為 部分的18S ITS-1 5.8S ITS-2 部分的28S 也就是我們PCR中所使用的primer ITS4 ITS5所增幅的序列 根據這個結果 可以推測我們的結果可能為Fomitopsis pinicola這個擔子菌 然後勒~~~~重點來了!!! 如果比對出的都是沒確切的結果勒??? 那就找score與e value相對較高 但有確切屬or種名的來當作鑑定結果 (這也是為什麼分子鑑定只能當參考的依據 因為databse的資料無法涵蓋全部的物種 所以沒有確切的結果是有可能的) 重點2!! 報告要有的東西 1.目的 2.方法: a.DNA extration b.PCR 3.結果: a.BLAST的結果、鑑定到的菌種的基本資料 (分類地位、簡略敘述形態 google可查到) 4.討論: a.另一種抽DNA的方法 b.比較傳統鑑定與分子鑑定的優缺點 ~~~下週二交~~~ 有問題可以到lab 323來問我 就這樣 葳 --

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