各位同学好 我是助教 在这边跟各位同学讲解一下 利用NCBI的资料库 简单的监定真菌的属种 (其实包括细菌 动植物都有大量的资料库) 先下载各菌的定序资料 http://homepage.ntu.edu.tw/~r99633016/123.rar 里面有各个菌1~6的定序资料 副档名为seq 可以用记事本打开(同txt档 接下来 连到NCBI的网页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 点选BLAST(红框 http://imgur.com/JC3ym 进入BLAST页面 再点选nucleotide blast http://imgur.com/0KBzc 在enter query sequence的部份 贴上seq档里的序列 并在下面的database选取 others(nr etc.) http://imgur.com/EneSI 最後再按下最下面的 BLAST 按钮 http://imgur.com/MJgDe BLAAAAAAAAAAST!! 然後 等!! http://imgur.com/T6YEF 等等 等等等 等等等等等等等 结果出来了~~~ http://imgur.com/0lUS6 颜色代表的序列间的相似度 颜色依序是红>紫>绿>蓝>黑(最不相似 往下卷可以看到各个相似序列的名字 将滑鼠放在红条上也可以看到 http://imgur.com/Rlxrl BLAST的结果依据主要有两个 一个是Score 代表的是序列比对 依照NCBI的运算方式 所给的分数 越高代表相似度越高 另一个是e value 代表的是 在所有database里 随机找到相似度极高的序列的机率为多少 越趋近於0代表在database里所比对的序列越专一 依照图中的结果 第一高分的是 unculture basidiomycete e value=0 所以先不考虑 第二高分的是Fomitopsis pinicola isolate......e value 也是0 所以我们趋向找有确定属种的结果 再往下可以看到序列的基本资料 gb|AY854083.1| Fomitopsis pinicola isolate AFTOL-ID 770 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 25S ribosomal RNA gene, partial sequence AY854083.1代表的是这条序列在database里的编号 可以看到我们所比对到的序列为 部分的18S ITS-1 5.8S ITS-2 部分的28S 也就是我们PCR中所使用的primer ITS4 ITS5所增幅的序列 根据这个结果 可以推测我们的结果可能为Fomitopsis pinicola这个担子菌 然後勒~~~~重点来了!!! 如果比对出的都是没确切的结果勒??? 那就找score与e value相对较高 但有确切属or种名的来当作监定结果 (这也是为什麽分子监定只能当参考的依据 因为databse的资料无法涵盖全部的物种 所以没有确切的结果是有可能的) 重点2!! 报告要有的东西 1.目的 2.方法: a.DNA extration b.PCR 3.结果: a.BLAST的结果、监定到的菌种的基本资料 (分类地位、简略叙述形态 google可查到) 4.讨论: a.另一种抽DNA的方法 b.比较传统监定与分子监定的优缺点 ~~~下周二交~~~ 有问题可以到lab 323来问我 就这样 葳 --

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