作者fauna (黑與白的變幻)
看板Chemistry
標題[資訊] 2013諾貝爾化學獎 頒給計算化學
時間Wed Oct 9 19:00:39 2013
恭喜 Martin Karplus(Harvard), Michael Levitt(Stanford) and Arieh Warshel(USC)
經過了15年 終於又輪回計算化學的領域了
1998年的化學獎頒給了Kohn 和Pople, 他們開創的基礎讓化學家們有好用的DFT
和Gaussian, 對於小分子的量子化學計算功不可沒(相信板友們很多都用過Gaussian
和B3LYP吧)
量子化學透過計算分子中電子的波函數 可以得知分子的特性
並觀察和預測化學反應如何進行
然而 以現在的電腦運算速度 模擬超過1000顆原子的系統對量子化學幾乎是不可能的任務
所以對於牽涉到蛋白質的生化反應 量子化學只能望之興嘆
這時候就是換multiscale model 出場了
multiscale 的意思 是 先使用量子化學 得到分子鍵長 鍵角 彈性常數等參數
再根據這些參數構建出一個簡化的分子 如同球被不同彈簧連接
接下來就可以使用分子動力學(molecular dynamics)來研究這些巨大分子如何反應
就好像玩憤怒鳥一樣 一開始設定起始條件 然後讓分子按照設定的位能面做運動
藉此可以知道這些複雜的分子如何改變構型及反應
在生物體內眾多反應的進行和信號的傳播 都牽涉到蛋白質分子結構的改變
如果可以預測蛋白質的結構 對於了解疾病的機理 或是藥物分子的設計 都有很大的幫助
大家如果之前有下載一個分散式運算軟體 用空閒的運算能力計算蛋白質摺疊的計畫
就和今年的化學獎是同一件事情
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三個得獎的人裡我聽過其中兩位的演講
Warshel戰力很強 我之前看到他在會議場合戰別人XD
我老闆對於multiscale的貢獻也不小 結果沒他的份 幫他哭哭 :~
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◆ From: 131.215.220.166
※ 編輯: fauna 來自: 131.215.220.166 (10/09 19:02)
1F：推 Xepher:近代MD的模擬方法 都是利用此技術 所以真的很強大 10/09 19:06
2F：推 Tamama56:只能推了 10/09 19:41
3F：推 buteo:ChemBark上說Karplas像EJ Corey一樣是拿終身成就獎 XD 10/09 20:18
4F：→ buteo:Karplus 打錯 10/09 20:18
5F：推 aspeter:是所謂的QM/MM 嗎? 10/09 21:59
6F：→ chyuchyu:不是QM/MM, 他們發展的是MD即MM,QM/MM晚很多 10/09 23:00
7F：→ chyuchyu:Karplus也是以不友善出名的。他很厲害，早期做量化理論 10/09 23:01
8F：→ chyuchyu:他有一篇很有名的review,gj;雙原子系統的微擾理論 10/09 23:03
9F：→ chyuchyu:小時候念到頭差點炸掉 10/09 23:05
10F：→ chyuchyu:說到QM/MM 15年後不知道是不是能得獎，到時候 Morokuma 10/09 23:07
11F：→ chyuchyu:快100歲吧!楊偉濤也是早期QM/MM重要開發者，不知道有沒有 10/09 23:08
12F：→ chyuchyu:希望。三個都是MD偏生物系統應用，Bill Miller大概無望了 10/09 23:10
13F：推 sunev:QCFFPI ? 10/10 00:56
14F：推 yamori:所以你老闆沒希望了嗎?再等15年他都要90了XD 10/10 09:56
15F：推 wladimir:據報道說他們都是猶太科學家，真不知道如何識別猶太人 10/10 19:10
16F：→ wladimir:能看出來嗎？ 10/10 19:10
17F：推 Adwin:猶太人真的還是比較聰明 10/10 20:07
18F：推 wladimir:今年自然科學獎中，12人中有8個是猶太人 10/10 21:41
19F：→ fauna:QM/MM我覺得還不能讓門外漢使用 不像QM 或是MM一樣 10/11 11:36
20F：→ fauna:沒辦法做到讓不懂得人也能來跑出一些結果來就不算夠普遍 10/11 11:37
21F：→ fauna:現在還看不出得獎的希望 不知道15年後會怎樣 10/11 11:38
22F：→ fauna:發佈之後我們一群學生圍著檢討覺得是我們太廢害老闆拿不到獎 10/11 11:44
23F：推 wladimir:以色列理工technion在廣東建分校，希望能把其先進的教學 10/11 21:23
24F：→ wladimir:帶入 10/11 21:23
25F：推 theory:科科，別說QM/MM，一般計算方法如果亂用也是會算出垃圾 10/16 00:12
26F：推 illf:請問f大 你老闆是哪位大頭呢? 10/20 23:31