作者Janma (一樣的月光)
看板Chemistry
標題[問題] ChemBio3D計算HOMO/LUMO的問題
時間Fri Apr 19 13:33:23 2013
小弟第一次用這軟體 本身也不是化學專科的
我是學生物的 最近投paper要revise卻被問關於色素分子HOMO/LUMO的東西
所以開始試著用軟體去做
摸索這軟體已經兩三天了 也快被搞瘋了...(沒人可問)
希望各位網友們可以救救我...
我現在用的是ChemBio3D ultra 12
有加上MOPAC2012
我用ChemDraw畫出一個分子載入到ChemBio3D後
選"Surfaces"
在"Choose Surface"那邊選擇"Molecular Orbital"之後
再到"Surfaces"選"Select Molecular Orbital"就會出現一大排的LUMO和HOMO
例如排列分別是:
LUMO+40 (N=94) [289.896eV]
.
.
.
LUMO+1 (N=55) [-0.636eV]
LUMO (N=54) [-5.339eV]
HOMO (N=53) [-9.979eV]
HOMO-1 (N=52) [-10.889eV]
.
.
.
HOMO-49 (N=4) [-49.878eV]
我想請問的是:
1.這軟體模擬出來的HOMO和LUMO可信嗎?看電子雲分布圖總覺得有些地方好像怪怪的...
2.平常看到的能階圖 高能階的eV是負的 但這軟體裡的eV在高能卻是正的@@
是要自己把它加上負號去看嗎?
3.每一個N值應該都是代表這分子的每一個電位能階吧?後面算出的eV值算是準確的值嗎?
4.假設我的分子一共有三個環 這軟體可以計算在HOMO/LUMO下
每個環(或每個原子)所佔有的電子數百分比或分布嗎?
希望能有人能解決我的疑惑
小弟感激不盡!!!
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◆ From: 111.251.196.169
※ 編輯: Janma 來自: 111.251.196.169 (04/19 13:34)
1F：→ buteo:不是理論計算專長 但用ChemBio算感覺只能當參考用 04/19 14:11
2F：→ Janma:那請問有什麼軟體的計算可以比較有參考價值呢? 04/19 15:48
3F：→ fauna:找化學系朋友用常見的Gaussian 最佳化分子之後畫MO 04/19 18:22
4F：推 fauna:3,4都可以解決 04/19 18:25
5F：→ sleepingyes:gaussian會有問題是結構跟鍵長鍵角如果差太多OPT 04/19 18:33
6F：→ sleepingyes:會失敗 04/19 18:33
7F：推 aspeter:高能階出現正的應該是正常的 (virtual orbitals) 04/19 22:37
8F：→ aspeter:HOMO/LUMO 就當參考用,跟你用的方法有關 04/19 22:42
9F：推 theory:如果是生化大分子，用 Gaussian 跑高階計算會算到死吧 ... 04/20 00:36
10F：→ theory:化學軟體給的結果很多是用半經驗法，看個趨勢還可以 04/20 00:38
11F：→ theory:MO 及電子百分比都不可能算得準的，但重點是 - 你要多準？ 04/20 00:40
12F：→ Janma:樓上~我要算的分子是花青素 依衍生物不同 原子數約30~100個 04/20 01:34
13F：→ Janma:分子量範圍約300~900 準確度我也不知道怎樣算是很準... 04/20 01:35
14F：→ Janma:主要是算來給reviewer看的 也算是要一個趨勢啦 04/20 01:36
15F：推 sunev:找一個有在做計算的老師合作比較快XD 04/20 02:07