作者Janma (一样的月光)
看板Chemistry
标题[问题] ChemBio3D计算HOMO/LUMO的问题
时间Fri Apr 19 13:33:23 2013
小弟第一次用这软体 本身也不是化学专科的
我是学生物的 最近投paper要revise却被问关於色素分子HOMO/LUMO的东西
所以开始试着用软体去做
摸索这软体已经两三天了 也快被搞疯了...(没人可问)
希望各位网友们可以救救我...
我现在用的是ChemBio3D ultra 12
有加上MOPAC2012
我用ChemDraw画出一个分子载入到ChemBio3D後
选"Surfaces"
在"Choose Surface"那边选择"Molecular Orbital"之後
再到"Surfaces"选"Select Molecular Orbital"就会出现一大排的LUMO和HOMO
例如排列分别是:
LUMO+40 (N=94) [289.896eV]
.
.
.
LUMO+1 (N=55) [-0.636eV]
LUMO (N=54) [-5.339eV]
HOMO (N=53) [-9.979eV]
HOMO-1 (N=52) [-10.889eV]
.
.
.
HOMO-49 (N=4) [-49.878eV]
我想请问的是:
1.这软体模拟出来的HOMO和LUMO可信吗?看电子云分布图总觉得有些地方好像怪怪的...
2.平常看到的能阶图 高能阶的eV是负的 但这软体里的eV在高能却是正的@@
是要自己把它加上负号去看吗?
3.每一个N值应该都是代表这分子的每一个电位能阶吧?後面算出的eV值算是准确的值吗?
4.假设我的分子一共有三个环 这软体可以计算在HOMO/LUMO下
每个环(或每个原子)所占有的电子数百分比或分布吗?
希望能有人能解决我的疑惑
小弟感激不尽!!!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 111.251.196.169
※ 编辑: Janma 来自: 111.251.196.169 (04/19 13:34)
1F：→ buteo:不是理论计算专长 但用ChemBio算感觉只能当参考用 04/19 14:11
2F：→ Janma:那请问有什麽软体的计算可以比较有参考价值呢? 04/19 15:48
3F：→ fauna:找化学系朋友用常见的Gaussian 最佳化分子之後画MO 04/19 18:22
4F：推 fauna:3,4都可以解决 04/19 18:25
5F：→ sleepingyes:gaussian会有问题是结构跟键长键角如果差太多OPT 04/19 18:33
6F：→ sleepingyes:会失败 04/19 18:33
7F：推 aspeter:高能阶出现正的应该是正常的 (virtual orbitals) 04/19 22:37
8F：→ aspeter:HOMO/LUMO 就当参考用,跟你用的方法有关 04/19 22:42
9F：推 theory:如果是生化大分子，用 Gaussian 跑高阶计算会算到死吧 ... 04/20 00:36
10F：→ theory:化学软体给的结果很多是用半经验法，看个趋势还可以 04/20 00:38
11F：→ theory:MO 及电子百分比都不可能算得准的，但重点是 - 你要多准？ 04/20 00:40
12F：→ Janma:楼上~我要算的分子是花青素 依衍生物不同 原子数约30~100个 04/20 01:34
13F：→ Janma:分子量范围约300~900 准确度我也不知道怎样算是很准... 04/20 01:35
14F：→ Janma:主要是算来给reviewer看的 也算是要一个趋势啦 04/20 01:36
15F：推 sunev:找一个有在做计算的老师合作比较快XD 04/20 02:07