作者maurice9325 (水色天秤)
看板Biotech
標題[閒聊] 有KD/KO鑑定過的抗體有那幾家呢
時間Fri Oct 27 15:02:11 2023
就是啊,如題,想請問有KD/KO或其他方法鑑定過的抗體有那幾家呢。
相信各位科科偶爾會遇到一個情況,就是買到的抗體很爛,這裡的爛是指認到相似位置的
band,但根本就不是目標蛋白(亂雜交的那種)。
舉例來說,我就曾經發生過我要以WB確認siRNA knockdown的效率,但是A抗體怎麼壓都不
成功,B抗體卻可以看到prorein表現量如QPCR的結果表現量降低。
我也遇過以CRISPR/Cas9 knockout後PCR/gDNA定序確定切掉了,但是C、D抗體一直有壓到
protein band且跟parental 一樣多。直到換了E抗體後才確定確實有成功。
坦白說,市面上這種爛抗體很多,甚至很多知名大廠的抗體也有這種情況,很多還掛牌好
幾家在賣,所以現在在買抗體,都會盡量優先選擇特別標註或是做過KD/KO validate的抗
體,踩雷的機率也低很多。
所以想請問各位的心得與想法。以及想請問有KD/KO或其他方法鑑定過的抗體有那幾家呢
。
我知道Ab牌, gt牌部分比較新的抗體都會標註。
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 101.12.46.124 (臺灣)
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※ 編輯: maurice9325 (101.12.46.124 臺灣), 10/27/2023 15:03:52
1F:→ ampicillin: 小弟才疏學淺,想知道為何C、D抗體就不算成功? 10/27 15:14
2F:→ maurice9325: 預期心理吧,當然DNA層次確實不見得會100%反應於蛋10/27 16:03
3F:→ maurice9325: 白質層次,這可能要探討機轉了,頭會很痛。但我做過10/27 16:03
4F:→ maurice9325: 好幾次確實是還了抗體後ko的細胞確實沒有表現蛋白。 10/27 16:03
5F:→ maurice9325: *換10/27 16:04
6F:→ blence: CRISPIR切完有很多狀況發生,驗一下WB真的比較保險10/27 20:04
7F:→ blence: 比如說,切掉exon1,結果有exon1b,切掉ATG卻出現inframe ATG 10/27 20:04
8F:→ blence: 或切中間後面exon,結果細胞用的是alternative exon10/27 20:05
9F:→ blence: 只是有一定比例的抗體是用overexpressed lysate確認而已10/27 20:06
10F:→ blence: endogenous看不到或錯認的情況必然會發生 10/27 20:06
11F:→ blence: 不過找一隻可以用在適合需求如IP,IHC,Flow等,還是比有沒有 10/27 20:12
12F:→ blence: KO/KD validation 來的重要10/27 20:12
13F:→ blence: 我認為KO/KD最重要的賣點是買來堵住reviewer的嘴用10/27 20:17
確實CRISPR knockout就是希望能切到沒有protein表現呀。沒認到相對安心很多,不然做
起來心裡都卡卡的。
另我是學做抗體出身的,以前老闆都會掛在嘴邊,不要驗到overexpression的protein就
很爽,要再多方確認。因為對額外大量的外來蛋白產生抗體本來就是理所當然的會認到也
不奇怪,但是這些抗體能不能認到endogenous 才是最重要的。然後針對PTM的抗體,要確
認是不是“真的”又更難了。
※ 編輯: maurice9325 (101.12.46.124 臺灣), 10/28/2023 08:14:10
14F:推 icome: Abcam, Genetex部分抗體有KO data11/02 12:04
15F:→ icome: 沒看到你最後一句…目前大多是單株抗體廠商才會砸資源做KO 11/02 12:06
對呀,我目前只有看到這兩家,所以才會想問問還有沒有候選的,以及大家的意見。好希
望抗體商能跟專門KO賣細胞株或是siRNA的廠商有合作,我覺得對彼此的商品都有更進一
步的保障,增加消費者信心。
※ 編輯: maurice9325 (101.12.46.124 臺灣), 11/02/2023 15:42:46
16F:→ blence: GTX之前有針對沒圖的品項給feedback就能自選一支當贈品 11/03 20:01
17F:→ blence: KO/KD未嘗不可,也不用花大錢,但或許使用者不在意有無驗證 11/03 20:07
給換不囉嗦很好。但是更重要的是實驗時間呀。相對時間錢是小事了,但這就像一直在tr
oubleshooting,身心俱疲。
然後就是,我認為科學上應該要更務實,就像學到的應大膽假設小心求證,但是時間與KP
I帶來的壓力往往導致老闆們甚至自己不能把妥善求證做好,這樣很不好。
最後小抱怨一下,我的經驗gt牌與sc只能賣老鼠抗體牌,這兩家換抗體相對是乾脆的。某
CS大廠與MP大廠麻煩的要死,毛很多然後又很拖,時間耗更久。
※ 編輯: maurice9325 (49.216.28.158 臺灣), 11/04/2023 05:16:54
18F:→ blence: 我指的不是換抗體,而是讓實驗室用KO/KD data換coupon或任 11/04 11:59
19F:→ blence: 選等值抗體當回饋的方式,這無關無效抗體換貨的issue 11/04 12:01
瞭解,看懂了。我覺得這樣有互利的做法很好。我自己是很在意確認結果,畢竟怕給了錯
誤的資訊。
※ 編輯: maurice9325 (49.216.28.158 臺灣), 11/04/2023 13:31:45
20F:推 cjsntu: Abclonal可以參考 11/09 00:49
21F:推 apple23418: 推proteintech 12/08 13:41