作者LUSRICH (ININ)
看板Biotech
標題[求救] 請問進行蔨種鑒定 NGS及MOLDI -TOF
時間Thu Jan 18 01:47:48 2018
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請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定時，
該選擇
NGS或MOLDI -TOF呢
送驗之樣本用這兩種方式測到不同的結果
故有此困惑，先感謝感謝版大們之解惑了！！
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 115.82.211.240
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※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:49:37
1F：推 jackhow: NGS 無誤 01/18 08:43
2F：→ Ianthegood: 鑑定有需要打到ngs嗎... 01/18 16:41
3F：推 rossy: NGS 01/18 18:14
4F：→ LUSRICH: 感謝板大們回覆 01/18 21:53
5F：→ LUSRICH: 我送驗的樣本是含多種未知菌的複合樣本故先送NGS檢測後 01/18 21:53
6F：→ LUSRICH: 驗出其中有腸球蔨屬之糞腸球菌，於是委託廠商以腸球蔨屬 01/18 21:54
7F：→ LUSRICH: 的培養基分離，並再以malditof蛋白圖譜去鑑種作二次確認 01/18 21:54
8F：→ LUSRICH: ，結果打出來的93個點都顯示是另一種菌：耐久腸球蔨，接 01/18 21:54
9F：→ LUSRICH: 下來就卡關了 板大們建議以何種方式往下驗證呢？感激不盡 01/18 21:54
10F：推 lingon: 未知的話NGS無誤, NGS->ID->Validate(qPCR/clone)->seq 01/18 23:35
11F：推 lelojack: 臨床客戶,如果遇到生化跟Modi tof結果不一致,16s seq結 01/19 07:32
12F：→ lelojack: 果當標準 01/19 07:32
13F：→ lelojack: 建議你用Sanger seq定序培養出的clone 01/19 07:33
14F：→ LUSRICH: L大您說的是已純化菌落的16s seq還是複雜樣本直接打NGS的 01/19 12:49
15F：→ LUSRICH: 16s seq跟Molditof比時以16s seq為準呢 01/19 12:49
16F：→ LUSRICH: （我們送驗—Molditof的樣本是已純化分離出來的菌落） 01/19 12:49
17F：→ LUSRICH: 感謝您 01/19 12:49
18F：推 lelojack: 這邊指16s seq是PCR產物做Sanger 01/19 13:55
19F：推 lelojack: 簡單來說 菌種檢定 Sanger法比moditof 準 01/19 13:57
20F：推 lelojack: 以你的例子,建議用Sanger做菌種檢定,而moditof是用來做 01/19 14:01
21F：→ lelojack: 初篩 01/19 14:01
22F：推 july81212: seq分離後的菌看是否跟TOF的一致 有些菌分離反而培養 01/20 02:37
23F：→ july81212: 不起來 01/20 02:37
24F：推 tingyang: 請問一下文中的moldi-tof還是maldi-tof? 01/21 00:44
25F：推 jming: Maldi-tof 01/21 18:52
26F：推 qozxcv: NGS做16S 05/18 12:14