作者SONIC9 (色狼)
看板Biotech
標題[討論] 定序後發現許多變異鹼基
時間Wed Jan 17 23:36:01 2018
我將病毒的PCR產物送定序後，第一次定序的結果生技公司回報為
[有雜訊]
打開定序的訊號圖後，果然在幾個地方都有一些雜訊
讓人不是很確定那個位置應該要是哪一種鹼基
於是再次增幅並切膠後再送一次定序
雖然生技公司不再回報有雜訊
但是仔細檢查在相同的位置仍然出現了幾乎同樣的曖昧訊號
因此我懷疑這恐怕不是雜訊
而是我所夾取的位置在該樣本中就是有一些變異存在
也許是有不同變異型的病毒感染同一個體
我的問題是
我的研究是要嘗試以這個基因位置為標的來繪製這類病毒的演化樹
使用的軟體是MEGA及BioEdit
目前猜測BioEdit進行序列比對時應該可以接受變動鹼基
但我不知道對MEGA繪製演化樹會否造成問題呢?
先感謝各位大大
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1F：推 ernielwl: 用PCR定序不準就做個cloning拿去定序吧 01/18 12:48
2F：→ ernielwl: 多定個3,4條看看可以確認你那些snp有幾種型 01/18 12:49
3F：→ ernielwl: 再拿這幾條做alignmen後用Mega畫樹,不會有什麼問題 01/18 12:51