作者tanya1993 (幫幫)
看板Biotech
標題[求救] pTWIN1/nruI,bamHI設計primer
時間Tue Sep 5 15:05:58 2017
想請問一下
因為想使用ptwin1的CBD-Ssp DnaB INT做純化蛋白
但現在在設計引子，設計後覺得引子有點長，R-primer和F-primer的Tm差有點大，想問一
下，我這樣設計到底可不可行。
F-primer(nruI) Tm76
5’- GTC GCG AAT GAC ATC ATT GTA CAC AAC *GGC CGG GCG GGC CGC TTG AAG AAG* -3'
R-primer(bamHI) Tm63
5’- CGC GGA TCC TTA *TCT TCC TAG TGC CTG* -3’
(*為target protein 序列*)
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.83.57.37
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1504595161.A.8CA.html
1F：→ blence: 設計成這樣總有理由,是什麼？ 09/05 15:30
2F：→ e104582001: 1.一般來說要加上切位的話不會額外多加那麼多mer 09/05 16:26
3F：→ e104582001: 我自己經驗是依不同的enzyme會外加2~4個mer而已 09/05 16:26
4F：→ e104582001: 若沒有特殊功能，F的7~27bp有什麼特殊的意義嗎? 09/05 16:28
5F：→ e104582001: 我平均設計約18(CDS)+8(Cutting site+額外保護用)而已 09/05 16:29
6F：→ e104582001: 再依據CG%調整總長度 09/05 16:30
7F：→ tanya1993: F-primer的部分GTC GCG AAT GAC ATC ATT GTA CAC AAC ( 09/06 11:53
8F：→ tanya1993: 是部分intein包含nruI)後端GGC CGG GCG GGC CGC TTG AA 09/06 11:53
9F：→ tanya1993: G AAG是GRA+target protein 09/06 11:53
10F：→ blence: 一定要加GRA的話,也可以直接用MCS的NcoI+target gene就好 09/06 19:00
11F：→ blence: 要是完全不要NcoI的ATG,那也可以設計SapI,不一定要NruI 09/06 19:01
12F：→ blence: 只是SapI比NruI貴,雖然這麼長的primer也需要多花純化的錢 09/06 19:04
13F：→ blence: 不過如果gene已經在plasmid上,primer隨便訂也不擔心P不出 09/06 19:07