作者William8182 (威廉)
看板Biotech
標題[求救] GROMACS問題請教
時間Sun May 7 20:24:04 2017
本人接觸gromacs的經驗不算很多，若問題太基本還請見諒><
最近在用gromacs 4.5.3 跑蛋白質的mds
而在我要用pdb2gmx為蛋白質過力場的時候，出現了以下error:
Fatal error:
Atom OXT in residue SER 173 was not found in rtp entry SER
with 8 atoms while sorting atoms.
照以上敘述來看，原先我的理解是，
我要過力場的pdb檔案在residue 173有個原子的類型OXT並未包含在
我選用的力場GROMACS96 45a3 force field裏面
所以我應該只要把pdb檔裏出現OXT處進行修改或刪除應該就可以了
然而，在我檢查我的pdb檔案中時，卻未發現任何OXT的影子
這讓我有點無從下手
找了相關的國外網站發現其實也有其他人碰類似問題，但都在討論之
後沒有下文
還拜託板上的GROMACS高手幫幫忙了><
另外我也想請問如果要看rtp檔的話該去哪裡看呢?
以前對此檔案類型不甚熟悉，只知道他有包含到residue的一些參數
但想說問題會不會是出在這裡，也麻煩大家了十分感謝!
第一次在這裡發文，如有不妥還請見諒，資訊或有提供不足也麻煩再
跟我說我再立即補上!
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1F：推 tsungjen: OXT是指C terminus最後的的那個O吧05/07 22:29
2F：→ tsungjen: 你是不是要在產生psf的時候告訴他最後一個RESID是CTER05/07 22:31
3F：推 tsungjen: 阿其實我也不太懂, gromacs好像不用這麼麻煩, 抱歉抱歉05/07 22:37
其實我跑的這個蛋白質是一個Dimer，由兩個有173的residue的殘基所組成，所以這樣來
看的話173的確是C-terminus,不曉得這跟您說的是否有關?><小弟跑gromacs經驗不多還請
見
4F：→ Godkin: 你應該是要看那個OTX可以對應到force field描述檔中05/08 01:41
5F：→ Godkin: 的哪一種O，再把OTX改換成那種描述就可以了05/08 01:41
6F：→ Godkin: 是說現在不是都出到5.3版了嗎？ 怎麼還在用4.5?05/08 01:42
7F：→ Godkin: 更正是5.105/08 01:43
8F：→ Godkin: rtp要去安裝gromacs的目錄裡頭找, 不過你需要的可能只是05/08 01:44
9F：→ Godkin: 找.atp檔而已05/08 01:44
不好意思想請問G大所謂force field 的描述檔就是atp檔嗎，還是是其他的檔案呢？另外
請
atp檔也是在安裝目錄裡面才有嗎?因為我剛剛找沒有找到(不知道是不是找的方式不對><
※ 編輯: William8182 (1.34.243.245), 05/08/2017 11:17:23
※ 編輯: William8182 (223.137.48.10), 05/08/2017 11:19:00
10F：推 tsungjen: 格空抓藥太困難了, 我再猜一下, 你是不是把dimer放在同 05/08 12:28
11F：→ tsungjen: 一個pdb裡面, 我記得要分開處理 05/08 12:29
12F：推 tsungjen: 可以google gromacs multiple proteins 應該可以解決 05/08 12:50
14F：→ William8182: 十分感謝樓上兩位!後來我有解決了，解決方式是我把di 05/09 00:20
15F：→ William8182: mer的兩個蛋白質分開成兩鏈，所以gromacs不會因此認 05/09 00:20
16F：→ William8182: 定在terminus(173的位置)的O需要是OXT，也因此就沒 05/09 00:20
17F：→ William8182: 有error了 05/09 00:20