作者wingthink (蒼天的巴爾孟克)
看板Biotech
標題[求救] 能預測DNA BS序列的網站
時間Mon Mar 27 16:29:37 2017
小弟最近收到BOSS的一個命令
是要尋找某protein在miRNA gene上是否有Binding site
然後找廠商將這段序列設計成luciferase repoter
我從human, rat, mouse都找不到此protein在這miRNA gene上有Binding site
將近崩潰的情況下，從JASPAR網站發現有可以直接找protein Binding site sequence
的功能
大吃一驚下去搜尋....結果只有果蠅上有 QQ
不知道各位大大有沒有推薦像這樣從Transcription factor去找binding stie sequence
的網站可用?
p.s 小弟是從ensembl找到miRNA的整段序列(包含EXON INTRON)，接著把序列貼上JASPAR &
AliBaba 2.1，還有ALFGGE PROMO
三個找TFBS的網站，但是都沒有我想要的結果
p.s.2 不打上protein跟miRNA名稱是怕被大大誤以為工作不自己做。
造成閱讀上不便，請見諒
--
→ wwwea:真是 你都作弄五樓
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 117.19.178.102
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1490603379.A.32B.html
1F：→ blence: protein跟miRNA不打沒關係,但BS是什麼應該打一下 03/27 16:33
sorry,我以為講到Transcription factor,打BS大家就會懂是binding site
※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 16:42:59
2F：推 egoweaver: 個人感覺上，原po要不要確認一下老闆要的是什麼呢？一 03/27 17:03
3F：→ egoweaver: 般miRNA luciferase assay指的是把被miRNA target的mRN 03/27 17:03
4F：→ egoweaver: A序列(通常是3‘ utr)放到luciferase的3’ utr，再以lu 03/27 17:03
5F：→ egoweaver: ciferase activity來判斷miRNA是否針對該序列有抑制效 03/27 17:03
6F：→ egoweaver: 果喔。 03/27 17:03
7F：→ egoweaver: 這個目的的話用TargetScan就可以了 03/27 17:04
大大您好，已經跟老闆確認過了
他是想知道這個Transcription factor binding site是否存在miRNA的promoter上
8F：推 Ianthegood: miRNA是post transcriptional而不是post translationa 03/27 17:19
9F：→ Ianthegood: l吧? 03/27 17:19
我以為這跟我的問題沒有關聯，不知道大大所指的意思是?
10F：推 Godkin: 你是指Ago protein? 03/27 19:55
其實就是一般Transcription factor protein，老闆想知道這個protein是否會影響miRNA的
產生
11F：推 jabari: backstab? 03/27 19:59
請問大大這是甚麼意思? 不好意思，小弟在這部分的知識可能不太足，請大大見諒
※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 20:07:04
※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 20:12:26
12F：推 huuban: 直接找該轉錄因子的功能鑑定paper呢? 03/27 20:57
這我有去找，但頂多找到該TF對某些protein&miR有影響，不知道是我關鍵字打錯
還是真的目前都沒人做到這塊
→
blence: 已經排除這不是intronic miR嗎? 找廠商做是Lab缺乏技術? 03/27 20:57
13F：→ blence: 是protein(TF)與miRNA已知,想建立調控關聯? 物種是? 03/27 20:57
14F：→ blence: 以一般Lab操作,當protein(TF)與目標基因是已知,就不太需要 03/27 21:06
15F：→ blence: 花時間預測了,直接接serial construct看能不能被protein影 03/27 21:07
16F：→ blence: 響即可,畢竟在兩個都已知時,就算預測不如意,實驗也是要試 03/27 21:10
BOSS的想法是參考Nat Med. 2012 Jul;18(7):1077-86. doi: 10.1038/nm.2815.
這篇PAPER，此篇是預測了NFkB在miR-23b gene上的binding site，然後去測試
IL10對其有無影響
因此需要BS sequence
17F：→ Ianthegood: 你是要找miRNA gene上的binding site還是miRNA上的bin 03/27 21:18
18F：→ Ianthegood: ding site?? 03/27 21:18
要找miRNA gene上的binding site
19F：推 chou0315: 有點看不懂。如果你想找miRNA "Promoter"上是否有某蛋 03/28 01:53
20F：→ chou0315: 白的binding site，為何拿intron/exon序列去找？應該是 03/28 01:53
21F：→ chou0315: 用promoter序列才對吧？ 03/28 01:53
我是直接把Ensembl所得的sequence整個貼上去搜尋，因為一開始只拿起始點前的序列
結果都沒有，後來乾脆全部搜尋看看
22F：推 egoweaver: 要找已知TF是不是會bind的話做ChIP-qPCR或撈ChIP-seq 03/28 03:18
23F：→ egoweaver: 但你即使找到TF binding site clone出來做reporter也不 03/28 03:19
24F：→ egoweaver: 一定specific，細胞實驗的話要不要直接KI LacZ或GFP算 03/28 03:19
25F：→ egoweaver: 了…… 03/28 03:19
26F：推 egoweaver: 是說單要找有沒有binding直接到GEO dataset下你的TF當 03/28 03:22
27F：→ egoweaver: 關鍵字多半有人做過，不過這離reporter還有一段距離就 03/28 03:22
28F：→ egoweaver: 是了 03/28 03:22
這只能碰碰運氣了，目前是要先想辦法找出BOSS想要的東西，之後再說
※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/28/2017 07:58:54
29F：推 chou0315: 贊成egoweaver大的建議。 03/28 07:54
※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/28/2017 07:59:43
30F：→ blence: 我覺得你的想法不對,該paper會先知道該seq有reporter活性 03/28 10:10
31F：→ blence: 才會去預測TFBS以及突變;可是你們應該還沒測過reportr活性 03/28 10:14
32F：→ blence: 而且就算沒有直接的TFBS,還有也有間接的cofactor BS可試 03/28 10:20
33F：→ wingthink: 這是BOSS的想法啦，我只是照他指示去做，而且該PROTEIN 03/28 15:22
34F：→ wingthink: 好像是最近幾年才比較多人研究的樣子，很少有這方面的 03/28 15:22
35F：→ wingthink: 資訊 03/28 15:22
36F：→ Ianthegood: 就跟boss講沒有binding site啊 不要cherrypick 03/28 19:40