謝謝大大的回覆 因為要回的東西有點多 所以就另外開一篇 首先我要道歉 關於我要做的protein分子量上次給錯了 因為PDB上面給總分子量100kDa 但是那個檔案裏面包含兩個極度相似的目標protein(差在水分子和一些離子) 以主要結構414胺基酸來看應該是40~50kDa 該protein共有六個TM domain active site坐落在靠膜外區的洞口底部 據我看過的paper 應該是有allosteric pathway effect 過去文獻有一篇做5ns MD的結果就有顯示胞外包內區都有明顯結構變化 中間的active site附近區域則根據不同ligand有不同範圍和區域的肉眼可視變化 另外就是有人做我要block的目標和該protein結合的MD 結果也是證明整個目標protein會有結構上的變化 老闆推薦說只做active site可以省時間 不過我自己心裡也挺懷疑的 因為我看題目相近的MD文獻都是做整個 這東西又有六個跨膜區 active site又剛好最接近這六條TM的最收束區 如果要只做活性區MD 看ligand和protein的interaction 要說服人家接受這6TM相對位置不會因為其他部分位置改變而移動 感覺不太可能OTZ 我目前的做法是 Database>>LibDock>>CDOCKER>>ADMET&結構檢查(19候選取最佳3)>>MD檢查 我看有些paper是做完ADMET和結構檢查完的結果就通通MD(以我的例子是19個MD) 不過我們實驗室可能是受限於設備和時間 過往都是挑最佳兩個去MD MD的相關設定可能會參考其他同主題paper 預計 water box是10Å 至於模擬時間 老闆要求要20ns以上(上面那篇5ns被批的體無完膚XD) 不過根據paper 多數候選ligand要60ns左右平衡(該篇做100ns) 所以我也還在考慮到底要做多久的MD 因為如果光算一個就要一兩個月<<我老闆說過去大概要這麼久?? 就算我現在才碩一下 大概也只能做兩個最多三個就差不多該寫論文了XD 如果大大還有什麼建議或是想知道那些其他條件 都歡迎留言 --

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