※ 引述《Saber0217 (浜風 はまかぜ)》之銘言： : 版上各位前輩好 : 目前小弟主要做的題目是使用DS軟體做小分子藥物開發 : 前面的建模和篩資料庫皆已完成 : 再來就是使用分子動態(MD)模擬來確認protein和篩出的ligand能穩定結合 : 不過最近去找教授的談後續實驗方法的時候 : 教授突然提到說可以去研究有沒有方法 : 能只對該蛋白質上的已知活性區和ligand做MD : 說是這樣應該比較省時省效率 : 我比較好奇的是有這樣的前例嗎? : 想請問版上有沒有做類似模擬的前輩有看過相關的例子或是文獻 : 以我目前看過關於MD的二三十篇文章 : 基本上都是用整個protein-ligand下去模擬 : 沒看過只針對活性區的MD模擬 : 而且就邏輯上來講僅對活性區做模擬 : 似乎有過於便宜行事的可能? : 因為我所尋找的藥物基本上只要能和單一key residue穩定生成氫鍵作用即可 : 但是protein六個支鏈的相對位置變動也可能會對ligand產生不同作用力影響才對? : 因為教授基本上不會軟體操作 : 都要自己去查文獻和網路資料自學QQ : 謝謝 我來賺一下p幣 你如果只想做active site對ligand的模擬不是不行 只是一定會被reviewer靠杯，反正有幾分證據說幾分話 我建議你多做幾個系統 1. 單獨protein 2. 單獨active site 3. protein + ligand 4. active site + ligand 然後比較protein結構上的變化 只要你的結果可以宣稱，active site的結構不會被protein其他的結構影響 active site的結構和整體的結構correlation很低 protein的結構相當rigid，也沒有甚麼allosteric pathway effect 可能就可以只用active site + ligand 去做模擬 你ligand一定不是只有一個，看你要取比較有代表性的，或是取最難穩定的那種 這四個系統可能做一遍就夠了 可是你的系統有100kDa，100kDa很大耶，超大的那種 這麼大的系統跟我說沒有allosteric pathway我不太相信 我直覺覺得沒辦法只用active site+ligand下去算 然後可以順便告訴我你用多大的water box去裝，還有跑多少ns嗎? --

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