作者Saber0217 (浜風 はまかぜ)
看板Biotech
標題[討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬
時間Fri Feb 24 18:22:26 2017
版上各位前輩好
目前小弟主要做的題目是使用DS軟體做小分子藥物開發
前面的建模和篩資料庫皆已完成
再來就是使用分子動態(MD)模擬來確認protein和篩出的ligand能穩定結合
不過最近去找教授的談後續實驗方法的時候
教授突然提到說可以去研究有沒有方法
能只對該蛋白質上的已知活性區和ligand做MD
說是這樣應該比較省時省效率
我比較好奇的是有這樣的前例嗎?
想請問版上有沒有做類似模擬的前輩有看過相關的例子或是文獻
以我目前看過關於MD的二三十篇文章
基本上都是用整個protein-ligand下去模擬
沒看過只針對活性區的MD模擬
而且就邏輯上來講僅對活性區做模擬
似乎有過於便宜行事的可能?
因為我所尋找的藥物基本上只要能和單一key residue穩定生成氫鍵作用即可
但是protein六個支鏈的相對位置變動也可能會對ligand產生不同作用力影響才對?
因為教授基本上不會軟體操作
都要自己去查文獻和網路資料自學QQ
謝謝
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1F：推 Godkin: MD? 你們有足夠的電腦可以跑嗎？ 你們的蛋白質多大？ 02/25 22:13
Protein的話Total Structure Weight約4~5萬
電腦部分大概用I7-6700 RAM 32GB下去跑
過去實驗室學長是用一台約五六年前的Server(AMD CPU)下去跑
之前觀察結果是速度慢的感人 遠遠不及目前使用中的桌機
但是採購新Server主要還是有經費相關的瑣碎問題
所以打算硬著頭皮用桌機跑
※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 02/28/2017 13:03:14
2F：推 Godkin: 其實現在的桌機也是很強大的啦，有GPU加速就不用擔心了 02/28 16:59
3F：→ Godkin: 桌機的話強烈建議使用Gromacs 02/28 16:59
可惜我的是套裝桌機 只有內顯(攤手
我們實驗室都是用discovery studio跑模擬
不過依然感謝推薦其他方式
※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 03/01/2017 02:19:14
※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 03/02/2017 09:44:26