有一篇《Trends in Genetics》的 Feature Review 對這系列的技術有不錯的說明， 標題是： Unraveling the 3D genome: genomics tools for multiscale exploration http://www.cell.com/trends/genetics/fulltext/S0168-9525(15)00063-3 你如果能閱覽全文的話十分建議去看看， 裡面有各種 C 的簡單 protocol、所需細胞量、解析度以及如何得到 data。 ※ 引述《tony51501 (x-ray)》之銘言： : 小弟在網路上爬文，大約了解這些相關的技術 : 但是如果再選用方法上面，會如何選用？ 除了 3C、4C、5C、Hi-C 外， 還有其他衍生的技術，如：ChIA-PET， 這些技術的用法也都有所不同， 3C 是 one to many， 你有一個目標 locus， 你想驗證這個目標 locus 會和哪些你選定的 loci 有 interaction， 這種情況下才適合用 3C。 4C 是 one to all， 用一段選定的 locus 去找出所有和這段 locus 有 interaction 的對象， 如果你想找出會和選定的單一 locus 有 interaction 的 loci， 4C 是不錯的選擇。 5C 是 many to many， 用在你只想看你選定的一群 loci 之間彼此 interaction 的狀況。 Hi-C 是 all to all， 就是去看整個細胞核中所有 loci 彼此之間的 interaction。 順便提一下 ChIA-PET， 這個技術是指定一個蛋白質(通常是 transcriptional factor)， 找出由這個蛋白質所產生的所有 chromosome interaction。 : 3c是最早出來的技術，但感覺好像還是很多人再用3c它有什麼在技術上的優點或缺點嗎？ 優點就是因為不用做高通量定序， 所以相對其他 C 十分的便宜， 而且只需要用 qPCR 就能快速得到結果， 所以得到 data 的速度最快， 靈敏度也很高。 缺點是只能 one to many， 只有在目標 locus 和對象都已知的情形下能用。 (如 β-globin 基因和它的 locus control region) : 那hi-c 是利用high throughput sequencing 多對多方式來找dna fragment序列，那它要 : 拿什麼sample來做？網路上的圖好像是拿4c 5c 的sample，但是4c 5c的sample不是很少 : 嗎？ 4C、5C、Hi-C 的 sample 多寡取決於你起始的細胞量， 只要一開始的細胞量夠多， 就能得到不少的 library。 然後基本上， 除了 3C 外， 這是一個非常燒錢的實驗！ 而且除了 3C 外都會動用的高通量定序， 資料分析也是個不小的問題...... --

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