作者jieyuwang (Sarah)
看板Biotech
標題抽total RNA / NGS
時間Wed Oct 12 19:40:17 2016
因最近要送NGS 的sample, 上機前要先過QC檢測
送了幾次都沒過，似乎是28s18s 太低
造成RIN值很低（一般要7以上）
廠商建議多加RNase inhibitor
但是實驗室平常跑PCR時都沒有用
想問各位抽RNA時都有用嗎？有沒有建議的廠牌？
有人送過NGS的sample嗎？
為了QC已經過了好多時間...
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1F：→ chldoug: 用什麼方法抽的RNA? 10/12 20:10
2F：→ Ianthegood: 當然要加 你打一次ngs多少錢 一條rnase inh多少錢 10/12 20:57
3F：→ jieyuwang: C大 trizol 10/12 21:10
4F：→ jieyuwang: L大 因為目前在找原因 所以不知道是不是因為這個原因， 10/12 21:11
5F：→ jieyuwang: 也不知道是不是大家都會這樣做，謝謝 10/12 21:11
6F：→ huuban: 甚麼樣本啊?我們之前Trizol根本不合XD 10/12 21:14
7F：→ jieyuwang: H大 是human 的cell line 10/12 21:28
8F：→ blence: 我以為troubleshooting應該會把實驗流程試劑廠牌細節交代 10/12 21:53
9F：→ jieyuwang: 沒有... 很多事情都沒說～就是要我們重新送... 10/12 22:55
10F：推 lingon: RNase Inhibitor應該沒問題,但抽cell line的RNA 不應該 10/12 23:09
11F：→ lingon: 有這種狀況, 看看你們用的reagent本身是不是有問題 10/12 23:10
12F：推 mesenchymal: cell line抽RNA RIN小於9都很有問題了 10/13 01:39
13F：推 silverberry: 有預算做NGS要不要直接買kit抽?troubleshooting這種 10/13 09:15
14F：→ silverberry: 事實在不值得.... 10/13 09:15
15F：→ silverberry: 細胞生長的狀態如何等等的，像樓上的版友們說的， 10/13 09:16
16F：→ silverberry: 資訊越多大家越容易隔空抓藥~ 10/13 09:16
17F：→ jieyuwang: 謝謝大家！！大家願意互相提供意見，我真的很開心！ 10/13 09:42
18F：推 jabari: 上哪一間NGS就用他們家的kit 過不了就叫他們處理 10/13 17:07
19F：推 supray: baseline 乾不乾淨 10/14 08:43
20F：→ supray: 某些組織本身28S/18S就不會很高 所以會加看18S 28S之間的 10/14 08:44
21F：→ supray: baseline 乾不乾淨 10/14 08:45
22F：→ supray: 通常送NGS的RNA會建議用通column的純化方式 10/14 08:53
23F：→ supray: 而且還要處理DNase ! 10/14 08:53
24F：→ supray: j大 都丟給廠商處理 廠商會很頭大.... 10/14 09:02
25F：推 jabari: 這不就是賣特殊純化kit的好時機嗎? (逃) 10/14 14:06
26F：推 lelojack: 跟服務商聊聊你們的檢體吧 ，為了賺你們的錢，他會問全 10/14 20:56
27F：→ lelojack: 台灣相關的實驗室 10/14 20:56
28F：→ lelojack: 買qiagen 看論文都用這款 10/14 20:57
29F：→ jieyuwang: 謝謝～ 今天我用kit M.N.的抽了！！下週一送sample再告 10/14 21:38
30F：→ jieyuwang: 訴大家好不好～～～ 10/14 21:38
31F：推 Chalock: 也有聽到沒用fiter tip所以不過的例子 10/16 06:57
32F：→ jieyuwang: C大！真的嗎！我好害怕明天送出又有問題！ 10/16 12:00
33F：→ supray: 更正通常頭大的是實驗室裡的技術員 QQ 10/17 14:25
34F：→ supray: 真的是要常常找各家kit的供應商.... 10/17 14:26
35F：推 WinnieDad: 我後來要送NGS的樣本，尤其是像transcriptome所需的RNA 10/17 20:43
36F：→ WinnieDad: 我都直接花錢請廠商代抽了，大錢都砸了，何苦省個小錢 10/17 20:44
37F：→ WinnieDad: 搞到不乾淨的樣本然後毀了NGS結果？ 10/17 20:44
38F：→ jieyuwang: W大！我問過他們 是否可以抽，但是他們回應我是說不行 10/17 21:00
39F：→ jieyuwang: 他們都收total RNA 沒幫忙代抽 10/17 21:00
40F：推 WinnieDad: 可代抽DNA/RNA的廠商很多，我曾請A廠商代抽後拿給B廠商 10/17 23:15
41F：→ WinnieDad: 做NGS分析，結果好好的。 10/17 23:16
42F：推 jabari: 細胞RNA應該輕鬆過RIN9才對... 如果你是要跑特別一點的 10/18 03:50
43F：→ jabari: 找上機的廠商問清楚...說實在的 sample沒了才是大問題 10/18 03:50
44F：→ jieyuwang: 好！真是感謝各位！如果這次結果不好！就請廠商抽！一 10/18 09:24
45F：→ jieyuwang: 直要自己抽是因為，學長姐一直覺得他們的protocol是沒 10/18 09:24
46F：→ jieyuwang: 問題的，但是看起來還是有些改善空間～ 10/18 09:24
47F：推 lingon: 除非是特殊檢體(如液態檢體)要不然就直接Qiagen抽 10/20 00:09
48F：→ jieyuwang: 謝謝！！上次用kit 現在是level A !! 如果需要或有同 10/20 00:53
49F：→ jieyuwang: 樣問題可以站內！ 10/20 00:53