作者a102740826 (Ling)
看板Biotech
標題[求救] 搖菌後抽plasmid
時間Wed Aug 3 23:22:48 2016
不知道各位有沒有碰過像我一樣的狀況
之前有碰過盤子有長但菌搖不起來，LB是沒問題的（可是明明就是用同一支抗生素，是因
為長一個colony比長一管容易？）
然後最近又碰到盤子長了，菌也搖起來了，但抽出來質體濃度和260/230都很低……
想知道這種現象代表什麼意思呢(>﹏<)?
By 做cloning做到崩潰的研究生
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1F：→ e104582001: SA汙染08/03 23:26
2F：→ e104582001: 長的菌可能不是你原本的 E.colii08/03 23:26
剛好汙染的菌抗抗生素這樣嗎@@?
3F：推 jsi: 之前遇到LB長不好時，嘗試過兩種做法：1.改用其他種的培養液08/03 23:37
4F：→ jsi: 2.先養在比一般培養時更少量的LB裡，養起來後再transfer到較08/03 23:39
5F：→ jsi: 大量的LB繼續養。此外，盤子較容易接觸到空氣，LB若沒有搖晃08/03 23:40
6F：→ jsi: 就不易接觸空氣，或者搖晃程度剛好不適合菌生長，都可能影響08/03 23:42
嗯嗯！ 我有試過先搖小體積的方法，最近我們會移到共儀那邊搖，看會不會是我們培養
箱轉速或空氣流動的問題
7F：推 tynse71864: 你搖菌的體積跟瓶子的大小各是? 看起來是生長得不好08/04 00:21
12cc養菌管，試過搖8cc和5cc
8F：→ blence: 你完全沒提到這是一般的菌(plasmid)或有什麼特殊的部分08/04 00:25
不好意思沒說清楚，這是我做cloning把我ligation的成品拿去transformation的菌～是
一般的DH5a
※ 編輯: a102740826 (111.248.119.192), 08/04/2016 01:25:44
9F：推 nellnell: 濃度低的話也可能是菌長不夠 如果不是transformation08/04 01:47
10F：→ nellnell: 有問題 或許是菌加太少08/04 01:47
11F：推 nellnell: 12cc看起來是抽mini? 那菌液加多少？08/04 01:50
Protocol上建議1.5-7.0mL 我加7mL
12F：→ Ianthegood: 12cc的管超過3cc就太多了08/04 07:27
真的嗎@@!!?? 那我下次可以改用錐形瓶搖
13F：推 LuciferC: 檢查抗生素有沒有問題，上個月大家都發生這樣的狀況，08/04 10:04
14F：→ LuciferC: 結果發現kantamycin跟ampicillin標反了08/04 10:04
我們也有懷疑過抗生素放太久，所以前陣子買了一罐新的。（話說標反也太…… 老闆知
道應該會暴走XD?）
※ 編輯: a102740826 (140.112.59.208), 08/04/2016 16:52:42
15F：推 cothuho: 檢查你的盤子是否放太久 是否平時放4度C? 有時侯是抗生 08/04 23:37
16F：→ cothuho: 素失效，你挑的都是雜菌。另外我通常早上十點前就挑clone 08/04 23:37
17F：→ cothuho: 放入5ml去搖37C 250rpm, 下午六點就不少了。5ml絕對不是 08/04 23:37
18F：→ cothuho: 問題。如果還是抓不出原因，全部重配一次。同時借別人的 08/04 23:37
19F：→ cothuho: 抗生素來一起試試，兩間實驗室同時發生問題的機率低。 08/04 23:37
20F：推 tynse71864: 12ml tube頂多2CC吧 至少留3X~4X體積的空氣給菌生活 08/05 01:04
21F：推 nellnell: 我覺得搖菌不是問題耶 我5ml LB加5ml 菌一樣搖的起來 08/05 01:45
22F：→ blence: 別亂教,搖菌基本原則只能用1/3-1/5的體積,加滿是不對的 08/05 01:50
23F：→ blence: 原po還是沒說用哪一類的plasmid,一般mini-prep效率是1ml 08/05 01:53
24F：→ blence: 可取得5-10ug了,扣掉暫留份,搖超過3ml完全不符合效益 08/05 01:56
25F：→ blence: 這類似問題的可能性有1.抗生素失效,像溫度過高就已先加 08/05 02:08
26F：→ blence: 照光太久分解或plate久置失效等,致plate與搖菌的生長差異 08/05 02:11
27F：→ blence: 另外不熟悉無法區份satellite也算是 08/05 02:16
28F：→ blence: 2.越來越多特殊plasmid是不穩定,會自行重組,也會長不起來 08/05 02:17
29F：推 nellnell: 抱歉打錯 是5ml LB+5ul的菌QQ 08/05 07:41
30F：推 mosu0714: 資訊要寫詳細點大家才能找問題啊~用什麼菌、搖多久 08/05 14:12
31F：→ mosu0714: 抗生素濃度多少、copy number、用甚麼方法抽等等XD 08/05 14:13
32F：→ mosu0714: 話說260/230比值問題應該只是抽的方法的問題吧 08/05 14:15
33F：→ mosu0714: 所以plasmid濃度太低搞不好也只是方法問題 08/05 14:15
34F：推 vivitune: 盤子很可能污染，重配先 08/06 01:39
35F：→ Ice9: 12ml養8ml，搖起來不會灑出來嗎？而且一般都斜放吔？管子裡 08/07 00:41
36F：→ Ice9: 面，就像B大說的，超過1/3就要考慮分管了。 08/07 00:42