作者eric0120000 (小e)
看板Biotech
標題[求救] 限制酶一起進TBE膠跑～Band會歪斜
時間Fri Jun 24 13:37:38 2016
抱歉！第一次在本版上發問有踩到雷，或有人問過先說聲抱歉因為沒搜到...
問題
http://i.imgur.com/cGvw23L.jpg
用0.5X TBE 2% agarose 100V直接跑含有限制酶截切過的PCR產物（沒純化.酵素還在裡面）
結果發現看起來在primer dimers的地方好像都會有不明壓力把band擠歪，詳細如下：
（DNA＋2X Ampliquin Mix Red＋Primers＋水的產物直接用限制酶＋對應Buffer，作用
完後直接跑0.5X TBE 2%agarose 100V膠30min）
在確定不是膠沒做好的前提下，發現不管跑幾次都會像圖片這樣歪斜把ladder跟產物擠掉
像是以前跑的也會有同樣情形
http://i.imgur.com/F26LP3J.jpg
應該也不是TBE容液沒配好，請問有解嗎？
不知道有沒有漏講什麼隨時補充～感謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.60.5
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1F：→ blence: TBE不用1X卻用2X的理由是？ 06/24 14:35
2F：推 leoblack: 歪斜通常是因為RE buf的鹽影響,純化過會改善 06/24 14:40
3F：→ eric0120000: 感謝！2X 說錯是0.5xTBE、膠是2% 06/24 15:07
4F：→ Ianthegood: 你真的用2x tbe跑就不會被re的鹽影響了 06/24 15:12
所以如果我提升TBE跑膠的倍數理論上鹽類影響band歪斜可以獲得改囉？我來試試
5F：→ yesno1011: 可以在產物裡面加限制酶用的Buffer調整鹽度 06/24 16:22
感謝！好～我來對看看原產物裡面到底含有哪些鹽類可以透過Re buffer來調整濃度～
※ 編輯: eric0120000 (140.112.60.5), 06/24/2016 16:34:24
6F：→ yesno1011: 講錯了QQ 是在沒限制酶Buffer的部分加 (如Ladder 06/24 18:17
7F：→ yesno1011: 反正就是把所有泳道的鹽度調到差不多就可以了 06/24 18:17
8F：→ eric0120000: 好唷！感謝大大們的幫忙 06/24 19:51
9F：→ xxtomnyxx: 該不會是 NEBuffer 吧 XD 06/24 20:07
10F：→ xxtomnyxx: 如果只是切 RE 確定 DNA 是正確的而不是要做 gelextrat 06/24 20:08
11F：→ xxtomnyxx: ion 的話，我都用總體積 5 uL 去切，之後用水稀釋到 15 06/24 20:09
12F：→ xxtomnyxx: uL 才拿去跑膠，這樣也是能改善。 06/24 20:09
13F：→ eric0120000: 有NEB也有CutSmart!感謝提供這方法我會試試看！ 06/25 00:02