作者muynia (muynia)
看板Biotech
標題[求救]兩基因表現相關性
時間Tue May 24 23:24:57 2016
大家好,
我利用qRT-PCR檢測幾個基因在數十種不同細胞株中的表現，
EXCEL作圖後發現A基因表現量高，B基因表現量也變高。
但是EXCEL只能畫出兩條線的趨勢...
沒有辦法更準確地讓我知道是否有意義。
想要請問有甚麼軟體能夠呈現這樣的關係。
或是更清楚的告訴我這兩個基因的相關性。
謝謝各位的意見!
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1F：→ blence: excel有correl函數,是pearson correlation,可自行google 05/24 23:49
2F：→ blence: 一般也會用prism軟體,有youtube教學用spearman或pearson 05/24 23:51
3F：→ blence: correlation; 當然可用的軟體也不只這些... 05/24 23:52
4F：→ muynia: 謝謝你 我研究一下!! 05/25 01:25
5F：→ Ianthegood: 真的只看兩個gene的mRNA表現量就能看有沒有相關性嗎.. 05/26 03:43
6F：推 jabari: 樓上那番話 這幾年推銷rna seq跟array的時候我也很常講 lo 05/26 04:44
7F：→ jabari: l 05/26 04:44
8F：→ muynia: 主要是初步的篩選。相關性..當然需要實驗的部分證實。 05/26 07:39
9F：→ blence: 相關性來自統計檢定,只看兩個基因當然可以看相關性 05/26 11:09
10F：推 Ianthegood: statistic or biological significance 05/26 15:23
11F：→ blence: 生物什麼時候會用到"相關"？ 05/26 16:14
12F：→ blence: 一直都是借用統計來檢定有無"相關"阿 05/26 16:15
13F：→ blence: 比如:A影響B,B促進C,或C跟D一起被調控,透過生物機制解釋阿 05/26 16:18
14F：推 lelojack: 可能是原po只看細胞間的表達有相關的基因 ，頂多看基因 05/26 16:25
15F：→ lelojack: 之間調控，應該無法回答造成phenotype的原因 05/26 16:25
16F：→ blence: 你想說的應該是兩個基因表現的統計相關,是不是可在細胞或 05/26 16:27
17F：→ blence: 個體看到,也就是生物意義,而不是講兩個基因能不能看相關性 05/26 16:29
18F：推 lelojack: 應該只能推斷AB基因的關係 無法回答AB基因造成的生物功 05/26 16:29
19F：→ lelojack: 能改變 05/26 16:29
20F：→ blence: 我說的是Ianthegood 05/26 16:29
21F：推 lelojack: 其實回到虛無假設就很清楚了 哈 05/26 16:35
22F：→ Ianthegood: 我是在想原po問的是不是統計的相關性啦... 05/26 16:54
23F：→ Ianthegood: 假設它的癌細胞transcription全面提升 統計就算有相關 05/26 16:57
24F：→ Ianthegood: 也不是太informative 只看這兩個gene的相關性也得不到 05/26 16:57
25F：→ Ianthegood: 原因不是嗎 05/26 16:58
26F：→ blence: 回答你的第一個推文,兩個基因可不可以看相關性?當然可以 05/26 17:58
27F：→ blence: 但相關性本來就沒辦法回答背後的造成因素; 這是兩個問題 05/26 18:01
28F：→ Ianthegood: 抱歉用字造成誤會，我以為原po想問的不是統計 05/26 19:00
29F：→ muynia: 我想問統計相關性。感謝blence的回答，幫助我不少! 05/26 22:08
30F：→ ararthur: 那應該是 statistic significance or biological effect 06/15 02:10
31F：→ ararthur: 我是用Pearson's corr Excel裡公式就是 '=corr'非常簡單 06/15 02:13
32F：→ ararthur: 但要算p for r那就不容易了 要自己寫計算式 Prism則可以 06/15 02:13
33F：→ ararthur: 直接幫你都算出來 不過我比較好奇的是 sample size夠大 06/15 02:14
34F：→ ararthur: 到支持你推翻虛無假設嗎? 06/15 02:15
35F：→ ararthur: 另外圖的呈現 如果是以兩個gene 多個cell line的情形 06/15 02:16
36F：→ ararthur: X-Y分布圖是最容易看出Correlation趨勢與方向的可以試試 06/15 02:16