作者coolboychiu ()
看板Biotech
標題Fw: [問題] recombinase 重組酶 DNA inversion
時間Sat Apr 30 21:11:08 2016
※ [本文轉錄自 Biology 看板 #1N8xwIve ]
作者: coolboychiu () 看板: Biology
標題: [問題] recombinase 重組酶 DNA inversion
時間: Sat Apr 30 04:05:34 2016
【問題】：
我們知道有些重組酶像phiC31可以產生不可逆的DNA翻轉，圖示如下
attP >^^^^^^^^> attB (>^^^^^^^^> 表示一段被attP和attB夾住的DNA序列)
|
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V
attR <vvvvvvvv< attL (v 代表 ^ 反轉後的樣子)
如果現在DNA上有多組相同的attP-attB pairs，如下圖
attP_1 >^^^^seq 1^^^^> attB_1 ~~~~~~~~ attP_2 >^^^^seq 2^^^^> attB_2
(~~~~~~~~代表中間不重要的DNA序列 可長可短)
我在想這樣的結構應該attP_1和attB_2夾住的整個DNA序列也有機會整個被翻轉
我想請問各位的是：
seq 1和seq 2個別被翻轉的機會會遠比整個序列一起被翻轉大得多嗎？
【問題起因】：
研究上碰到的
但我本身其實是念電子 老闆有興趣 我就被叫來做相關研究了
我已經查了一整天資料 但毫無所獲 到現在都還沒睡覺QQQQ
所以才想上來請問大家
如果有參考資料 方便的話 麻煩各位在提供給小弟了
沒有也沒關係
先謝謝大家了
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.218.11
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1F：→ blence: 你把P,B,R,L的1跟2的ATCG序列拿來比對是怎麼轉變就了解了 04/30 10:59
2F：→ blence: P1B1可轉成R1L1,但P1B2轉不出可用的R?L?阿 04/30 11:03
3F：→ coolboychiu: 謝謝樓上回答。但我是假設兩組attP和attB一模一樣 下 04/30 12:15
4F：→ coolboychiu: 標1和2只是方便讓我解釋問題 那這樣attP1和attB2應 04/30 12:16
5F：→ coolboychiu: 該也可以變成attR和attL吧？ 04/30 12:16
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
※ 轉錄者: coolboychiu (140.112.218.11), 04/30/2016 21:11:08
6F：→ blence: 因為1跟2是確實存在的序列命名,所以一般不會接重複的2組 04/30 23:16
7F：→ blence: 不過應該有如1個B配2個以上的P,目的是測試最偏好重組長度 04/30 23:19
8F：→ blence: 也就是seq1,seq2與中間spacer都會影響你要的答案 04/30 23:21
9F：→ coolboychiu: 先向樓上抱歉我的命名(下標1 2)上造成誤解 04/30 23:26
10F：→ coolboychiu: 也就是說被翻轉的是seq1還是seq2或整個序列 會依照 04/30 23:29
11F：→ coolboychiu: 重組酶最喜歡的長度來決定 是這樣嗎? 04/30 23:29
12F：→ blence: 是,若seq各為1bp,spacer為500bp,或對調一下,結果必不一致 04/30 23:45
13F：→ blence: recombinase在DNA上結合需要空間,長度多少也是因素 04/30 23:47
14F：→ coolboychiu: 非常感謝你的說明 你幫了我的大忙 感謝!! 04/30 23:49
15F：→ blence: 你可以直接找paper,或查看invitrogen gateway系統的介紹 04/30 23:49
16F：→ coolboychiu: 因為我根本不熟 所以我昨天加今天找了許多paper 但都 04/30 23:51
17F：→ coolboychiu: 沒有看到相關的資料 謝謝樓上提供的資訊 04/30 23:51
18F：→ coolboychiu: 另外弱弱的問一下 重組酶是有最佳重組長度 還是只要 04/30 23:55
19F：→ coolboychiu: 夠長足夠和DNA結合就可以了 04/30 23:55
20F：→ coolboychiu: 如果是後者的話 那seq1 seq2夠長 好像就變成是一個 04/30 23:57
21F：→ coolboychiu: 不能決定的問題了 04/30 23:57
22F：→ blence: 實驗的東西,只有親自才知道 05/01 09:42