作者chenmick ()
看板Biotech
標題[求救] 用real time定量糞便total菌數
時間Thu Nov 5 17:36:58 2015
目前實驗需要監測小鼠糞便的total菌數
看到paper用real-time PCR的方式可以得到16S rRNA基因的copy number
(會使用universal primers)
但在實驗執行上有遇到幾個問題
1. 請問50~100 mg的糞便夠測嗎?
2. 糞便要做什麼前處理嗎? 脫水?(糞便有的軟有的硬,擔心未影響重量)
還是可以直接冰-80?
2. 我看到別人data呈現方式的y軸是copy number/g
請問是指在分離DNA時用固定體積elute,並取固定體積做real-time PCR?
(就不管每管DNA的濃度不同?)
感謝~~
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.71.94.11
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1446716221.A.25C.html
※ 編輯: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:37:18
※ 編輯: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:38:59
1F：推 biotium: 有直接抽stool dna的kit可抽的DNA 11/05 18:30
2F：推 as862437: 每管抽出總體積同濃度不同，pcr 才會有差異啊 11/08 18:19
3F：推 hitmd: 假設stool kit抽到的完全都是菌的DNA的前提下，以等重量的s 11/09 10:45
4F：→ hitmd: tool下去抽，再以等體積下去做elution,理論上可以測。但是 11/09 10:45
5F：→ hitmd: 要是考慮到kit每管抽的效果差異與除了菌以外的DNA含量比例 11/09 10:45
6F：→ hitmd: 影響，數據應該不會太好看。 11/09 10:45
7F：推 hitmd: 也可以進行enrichment的動作，但成本就會拉高很多 11/09 11:05
8F：推 Nicoleching: 直接做NGS. 逃 11/20 08:30