作者polomi (polomi)
看板Biotech
標題[求救] PCR定序結果 forward跟reverse完全不同
時間Thu Jul 2 17:04:46 2015
最近利用pUC18做質體的構築，
然後送給定序公司做定序，
而forward的結果是符合預期的結果，
原始檔案AB1的結果除了起頭外，
其餘都是單一的peak。
但是revers的結果大都為雜亂無章的，
也都對不上預期的序列。
主要是使用定序公司提供的primer，
看回收結果forward是M13F(-20)，
revers端則是M13R(-24)。
而詢問定序公司的結果，
則是表示我所需定序的plasmid在revers端有瑕疵的產生?
有送了三次，
因為之前主要都是只看到forward沒問題，
沒仔細再一次revers端是否正確，
三次都是相同的問題。
請問這是代表我的pUC18是有問題的嗎?
還是會有其他原因?
抑或是我的plasmid pUC18有問題嗎?
或是該如何去排除?
先在此感謝大家了~
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.107.165.123
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1435827888.A.BC9.html
1F：→ Ice9: design another forward primer to read through the end… 07/02 17:46
2F：→ roy047: reverse亂黏, 可重新設計或是同一樓 07/03 14:54
3F：→ xxtomnyxx: Reverse 的定序 AB1 圖是單一 peak 但是序列都不對嗎？ 07/03 22:09
4F：→ blence: 看起來insert超過1k？ 07/04 00:26
5F：→ supray: 可能你的reverse primer有多個binding site吧? insert中有 07/04 23:46
6F：→ supray: 相似序列? 07/04 23:46
7F：→ supray: 同一樓 從已定出的序列設計新primer 07/04 23:49