作者maybeshit (堅持美好)
看板Biotech
標題[討論] SNP是否影響RNA的表現量
時間Fri Jun 26 10:22:05 2015
最近在作SNP相關的研究
將一段mini gene利用點突變，將單一核甘酸突變(C-->T)
結果作Q-PCR發現
表現量卻發現相差有10倍以上!
跑膠沒有Alternative splicing，但卻可以看到band有明顯差異
我很疑惑的是，兩段基因指利用點突變單一點，卻影響這麼大的表現量
這是有可能的嗎? 小弟書讀不多~盼解惑! 感恩~
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2F：→ blence: sample size夠大的話,可以做eQTL比較 06/26 10:43
3F：→ blence: 不過本文沒描述實驗操作的細節 06/26 10:44
4F：→ Ice9: 只能說有可能，但差十倍這種事，還要看其他條件吧。 06/27 00:35
5F：→ xxtomnyxx: 你突變在哪裡？ promoter? exon? intron? 06/27 23:44
6F：→ maybeshit: exon 06/28 11:18
7F：→ blence: 為什麼exon mutation要看RNA,為什麼用minigene? 06/28 11:32
有轉cDNA看表現量，因為這gene段沒人研究過，minigene是參考paper的
8F：→ blence: 你的C與T在不同construct上,如何normalize兩者差異? 06/28 11:36
9F：→ blence: 而且也是很好奇何不能透露實驗設計,反正又猜不到你的SNP點 06/28 11:50
10F：推 jabari: 拿clone直接跑PCR efficiency... 一樣的話再討論表現量 06/28 17:26
有跑電泳過，兩個vector沒有斷裂，量也差不多一樣
11F：→ xxtomnyxx: 有很多可能，你給的資訊很難判斷，不過其實就算給了也 06/29 01:46
12F：→ xxtomnyxx: 還是很難區分是哪些可能。 06/29 01:47
13F：→ xxtomnyxx: 再問仔細一點：你的 minigene 是怎麼放到細胞裡的？ 06/29 01:47
14F：→ xxtomnyxx: 是用 transient transfect 還是挑 stable clone？ 06/29 01:48
是以Lipofectamine 2000 transfect into cell
15F：→ xxtomnyxx: 然後你既然提到你有看 alternative splicing，表示你突 06/29 01:49
16F：→ xxtomnyxx: 變的點很接近 splicing site？那就有可能是 exonic 06/29 01:50
17F：→ xxtomnyxx: splicing enhancer 的影響？ 06/29 01:50
這點也有討論過，有可能性
18F：→ xxtomnyxx: 然後你的 qPCR 設計的 primer 有跨 intron 嗎？你可以 06/29 01:51
有跨intron設計
19F：→ xxtomnyxx: 提供更多資訊這樣才方便我們分析可能，反正你不講基因 06/29 01:52
20F：→ xxtomnyxx: 明也沒人知道你在研究什麼，不用擔心有人會跟你競爭ww 06/29 01:53
21F：→ xxtomnyxx: 名 (訂正錯字) 06/29 01:54
22F：→ Ice9: 如果是exon上，你可以參考SMN1和SMN2的比較差異，也是著名的 06/29 15:05
23F：→ Ice9: exon SNP 造成表現量差異大的例子。另外，除了 splicing 有 06/29 15:07
24F：→ Ice9: 異，你的SNP會不會也形成新的stop codon？這也會影響穩定度 06/29 15:08
有想過會不會是stop codon，但已排除
現在朝著actinomycin RNA stability方向走
謝謝各位的討論分析^^
※ 編輯: maybeshit (117.19.128.219), 07/01/2015 10:39:11
25F：→ Ice9: 你既然要做 act.D 和 RNA degradation 的實驗，那最好也考慮 07/01 14:09
26F：→ Ice9: 一下在24小時內做time course收集數據。另外，有試過使用 07/01 14:10
27F：→ Ice9: 不同細胞株來看看結果嗎？或是同一種細胞的不同狀態/刺激下 07/01 14:11
28F：→ Ice9: 不同RBPs或RBP不同狀態也有可能會有影響，但這扯得有些遠了 07/01 14:12
29F：→ supray: 因SNP產生miRNA target site也是有可能的@@ 07/04 23:58