作者stevekevin10 (hippo泡)
看板Biotech
標題[求救]序列該如何判別位於哪條基因上
時間Fri May 29 02:02:39 2015
請問我有有了染色體上序列的位置 EX: 54531-56881
我有什麼工具可以知道這條位於什麼基因上呢?
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1F：推 jabari: ensembl 05/29 04:52
2F：→ stevekevin10: 上面只能一條條找嗎? 05/29 05:31
3F：→ stevekevin10: 有沒有可以輸入位置就出現該基因的資料的程式呢 05/29 05:31
4F：→ stevekevin10: ensembl上的資訊有點雜看不懂.. 05/29 05:31
5F：→ williamyang: UCSC genome browser 05/29 05:36
6F：推 mesenchymal: ensembl 右上搜尋列打 染色體:54531-56881 05/29 10:45
7F：→ mesenchymal: 搜尋就會自動列出該片段上annotated的基因了 05/29 10:46
8F：→ Ice9: 拿到 NCBI 去 Blast 一下就會出現相關聯結了。 05/29 17:47
9F：→ blence: 原po說的是染色體位置,不是序列,blast不能直接key位置吧 05/29 17:54
10F：→ blence: 原po順便要考慮你用的位置版本,版本不同的位置標示就有差 05/29 17:56
11F：→ stevekevin10: 我想問一下有沒有哪裡能下載物種基因的資料庫呢? 05/29 23:28
12F：→ stevekevin10: 像是1-1000A gene 05/29 23:28
13F：→ stevekevin10: 1000-20000 B gene 05/29 23:28
14F：→ stevekevin10: 這種數據呢 05/29 23:28
15F：→ stevekevin10: 這樣我讓程式去跑會方便很多 05/29 23:28
16F：→ soom: UCSC table browser可以選物種並輸出GTF格式 05/29 23:35
17F：→ Ice9: 有位置就應該有序列，所以我才會直接假設它有序列…… 05/30 00:22
18F：→ Ice9: 另外，blence 提到的版本問題不能忽略——如果只有位置。 05/30 00:23
19F：→ stevekevin10: 瞭解 我會去嘗試看看謝謝各位 05/30 03:34
20F：推 lelojack: 把註解資訊跟ref放在igv上 應該可以解決你的問題 05/30 23:53