各位前輩大家好 這陣子在鑑定從土壤中分離到的細菌菌株，遇到了一些問題 希望可以在這邊獲得解答... 我目前是以16S rDNA的基因先解序 解序出來的結果去NCBI跑BLAST， 跑出來的前50個結果都是同一屬的，種之間則是有些差異 (即自己的菌株結果皆為Bacillus，其中一隻菌株則是Brevibacillus) 而且 E value 皆為0、Ident 皆為99% 左右 我將其中幾個BLAST結果的序列下載下來(包含不同種的)， 利用ClustalW2網站或mega軟體去跑親緣樹 但發現畫出來的樹都醜，親緣關係都很遠 甚至我拿NCBI網站得到的Brevibacillus之序列去比對， 其中一隻Bacillus的親緣關係竟然比原本鑑定為Brevibacillus的那隻菌還來的更近 (但前者跑BLAST完全沒有Brevibacillus的結果QQ...) 現在遇到瓶頸了。 起初選用16S rDNA的基因是認為他保留性很高，應該很好鑑定 但仔細想想，或許這樣反而不好將菌株鑑定得太仔細... 也很困惑到底是選錯了基因、還是我的操作方式出了問題Q_Q... 我現在重新思考幾個解決方式： 1. 選用其他 Bacillus 的其他基因，做多基因序列比較： 這方法或許是最佳也最省錢(?)，但其實我這兩個月有些水深火熱， 再加上找文獻做實驗的時間，實在很擔心。 又若找尋的基因不完全適合鑑定自己的菌株...感覺或許是又繞了一大圈T_T 2. 使用人工試驗套組： 這是剛剛查文獻時看到的方式，選用的是 API 50 CHB 這個套組 其是可以鑑定22種的 Bacillus 及其相似種 已經有多篇paper用過，疾管局亦有公告此檢測方式 但我們實驗室沒有這種東西...剛剛也查不到到底是哪間販售的 Orz 不知道有沒有人使用過呢？ 因為其是以菌株的碳水化合物利用來鑑別，不知道這樣的生理生化的方式， 鑑定的結果是否會比分子生物學更加準確... 另有查詢到另個套組，是 Microgen® Bacillus ID 號稱鑑定出來的準確率比前者還高，但我一查他的售價要一萬台幣..... 以本實驗室的財力，無法應付 Orz... 我並沒有要鑑定到太過詳細的資訊 老師希望我至少要鑑定到種... 我想老師會希望我用最省錢的方式，得到最正確的結果 (廢話) 這樣看來是否還是方法1較為推薦呢....? 由於本人的研究領域並非在分子生物學Q_Q...所以對這方面蠻苦手的 還請大家鞭小力一點，並請多多指教... 非常感謝！！！ --

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 121.254.66.252 ※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1431694359.A.ECE.html P出來片段都是1600 bp左右，但出來的結果數值都很接近，所以真的無法確定.. 而且我拿前幾個分別去align，相似值卻都很低..所以很納悶 請問是指將菌株直接送AP鑑定嗎? 有公司有這類的服務嗎>"<? 不然我也很想這樣T_T... 沒錯，我blast之後的片段大小幾乎都是兩千多的@@... 這確實在讓我畫親緣樹或align時有點困惑... 謝謝您的解釋和建議，我會再去請教老師或有做相關實驗的同學>"< 或是看看相關paper 真的很謝謝大家的意見!!! 謝謝樓上!!! 啟新我昨天找了一下，好像沒有賣API，剛剛有去信詢問今日儀器了! 我問了曾經做過此屬細菌的同學(早該問了Orz...)，確實他說16S rRNA分不太開 得要利用Biolog或其他的生理生化才能確認其屬... 至於需要哪些測試就得要看我自己的需求了！ 真的很謝謝大家的解答...T_T 如果有大大有做過此屬的API測試，是否也請能分享一下經驗呢? 謝謝！ ※ 編輯: kimisky (140.120.196.16), 05/18/2015 13:52:37