作者x9060000456 (你好)
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標題[討論] Affymetrix microarray 分析方法
時間Thu Apr 23 17:01:35 2015
各位前輩大家好
小弟我分析 Microarray 做了3個月，
流程幾乎都是做 QC (MAS5)→挑出不好的 chips
→觀察資料(spike-in control plot heatmap , box plot , all genes plot MDS)
→使用 LIMMA 分析→挑出差異表現量基因→將差異表現量基因放在 KEGG pathway觀察
以上是分析 Microarray 粗略的流程~
請問各位前輩我做到最後一步，還可以如何進階分析!
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1F：推 huuban: 跑個co-expression network，最近好像很多人這樣用 04/23 21:43
2F：→ x9060000456: 謝謝大大~我會上網查了解一下!! 04/23 21:55
3F：推 lelojack: 有沒有臨床資料 根據資料型態 可以做一些回歸統計 04/24 01:46
4F：→ x9060000456: 沒有臨床資料唷-_-" 另外因為microarray變數數目大於 04/24 09:17
5F：→ x9060000456: 樣本數 所以回歸不能做 04/24 09:17
6F：推 lelojack: PCA analysis 利用PCA的緯度 來找出重要的factor 04/25 01:21
7F：推 lelojack: GSEA也可以用看看 筆電就可以跑了 04/25 10:10
8F：→ x9060000456: WOW, 謝謝大大的指點! 因為本科系是統計...所以對這 04/26 11:25
9F：→ x9060000456: 塊非常的陌生-_-" 04/26 11:25
10F：推 lelojack: 科 我反而羨慕統計系的 程式只是工具 最後還是回到連 04/26 19:50
11F：→ lelojack: 續資料或類別資料的統計 04/26 19:50