作者silverberry (平行線上的交集....)
看板Biotech
標題[求救] NCBI 下載基因序列
時間Thu Apr 16 13:23:01 2015
大家好，
我平常從 NCBI nucleotide 中查到需要的基因的序列後，
用右上角 Send 選項裡的 Complete Record -> File -> GenBank (full) -> Creat file
雖然訊息完整，但是像 FEATURES 裡，
mRNA or CDS 會註明 join(1..54,254..294...)
但是下載的序列還是全部都是小寫。
請問有沒有辦法下載出把 exon 以大寫顯示的格式?
或是有沒有軟體可以快速地轉換?
謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 73.164.8.164
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2F：推 jabari: word 04/16 13:59
3F：→ jabari: 等等 你是只要exon大寫其他小寫嗎? 04/16 13:59
4F：→ Ice9: 選擇你要變成大寫的文字，再找找軟體中類似『變成大寫』的項 04/16 15:54
5F：→ Ice9: 目。現在幾乎所有可以開啟純文字檔的軟體都做得到這件事吧。 04/16 15:55
6F：→ Ice9: 而且，你下載的也只是 exons 序列，看小寫比較不傷眼…… 04/16 16:03
7F：→ silverberry: 抱歉，我可能沒有表達得很清楚， 04/18 13:51
8F：→ silverberry: 我下載的序列是 gene region，包括 exon 和 intron 04/18 13:52
9F：→ silverberry: 我想要把 exon 標成大寫，方便區分，也可以畫出 04/18 13:52
10F：→ silverberry: splicing map。當然一個一個對著 join 訊息把 exon 04/18 13:53
11F：→ silverberry: 標出來也是可以。只是想知道有沒有一開始下載時就 04/18 13:53
※ 編輯: silverberry (73.164.8.164), 04/18/2015 13:54:15
12F：→ silverberry: 會把 exon 標成大寫的方法。 04/18 13:54
13F：→ silverberry: 附上我將要用來畫圖的網站 04/18 13:55
15F：→ silverberry: 謝謝~ 04/18 13:56
16F：→ blence: NCBI可以從gene找到裡面的tool,可以抓你要的seq,不過in/ex 04/18 16:05
17F：→ blence: 是以底色分區的,要自己處理;如果是UCSC就可以自選gene或 04/18 16:06
18F：→ blence: output region時,設定你要哪些特徵以大小寫的形式 04/18 16:07
20F：→ Ice9: 要直接分色的話，我接薦 UCSC 和 Ensembl。NCBI gene 有聯結 04/19 00:16
21F：→ Ice9: 它們已經幫你畫好圖了 04/19 00:17
22F：→ silverberry: 謝謝兩位~ 受教了 ^ ^ m(_ _)m 04/19 10:25