作者yayayoyi (drip brew)
看板Biotech
標題[討論] NGS中的 "depth"
時間Sun Mar 22 14:17:56 2015
大家好
在看"Single-base resolution analysis of active DNA demethylation using
methylase-assisted bisulfite sequencing" 這篇paper
期刊: Nature Biotechnology (p.1231~p.1243)
是epigenetic的相關文章
其中看到定序的"depth"
我看不太懂
假如我用high-throughput sequencing
然後又說 sequenced to an average depth of 238X and 307X per cytosine
我實在不懂這depth是什麼意思以及所影響的是...?
這個"depth" 變多或變少又有什麼影響呢?
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.251.112.120
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1427005079.A.096.html
1F：推 Ianthegood: 序列cover總chromosome/transcriptome幾次03/22 14:23
2F：→ Ianthegood: 越高confidence越高 有錢點的會做到1000x03/22 14:23
原來阿!!
那請問通常多少以上才是符合統計水準呢?
我怎麼看他有時候才大於等於5或大於等於10...
※ 編輯: yayayoyi (111.251.112.120), 03/22/2015 14:33:59
推 Ianthegood: 至少都100吧
他都是per cytosine 或per CpGs
這樣來說如果depth >5
樣本數還是很小啊
這樣怎麼說的過去
但這是出自nature的餒
該如何合理化這一切...
※ 編輯: yayayoyi (111.251.118.160), 03/22/2015 19:35:55
※ 編輯: yayayoyi (111.251.118.160), 03/22/2015 19:36:34
3F：推 Ianthegood: 看的是methylation不是sequence本身的話可能重點不同 03/22 21:05
4F：→ yayayoyi: 重點的確不同是沒錯但5真的頗少的 03/22 21:24
5F：→ soom: 若單一sample很少，但有很多sample都支持，那就還說得過去 03/23 02:09
6F：→ blence: 以前單一case上natures的時代,depth會要求高一點;之後WGS 03/23 08:39
7F：→ blence: 多case的depth要求反而降低到7,exome或RNAseq會高一些 03/23 08:42
8F：→ blence: 因為depth越高,coverage越降,所以看你的目的是偏重那個 03/23 08:45
9F：→ blence: 然後疾病樣本品質差異大,所以coverage太嚴格也會減少樣本 03/23 08:51
10F：→ blence: 之前同事用FDR檢定每個exome mutation,methyl也適合嗎 03/23 08:59
11F：→ yayayoyi: 謝b大詳盡解釋 但還是不明白coverage跟depth的差別ˊˋ 03/23 13:18
12F：→ yayayoyi: 是因為C的修飾是個改變的過程嗎(5mC>5hmC>5fC>5caC) 03/23 14:12
13F：推 kentket: coverage跟depth不同文章釋義有可能不一樣 03/23 21:06
14F：→ kentket: b大的coverage是指整個基因體 但有些文章的coverage其實 03/23 21:07
15F：→ kentket: 就是depth的意思 depth通常是指目標片段的重複次數 03/23 21:07
16F：→ yayayoyi: 大概瞭解了 謝謝大家的幫忙! 03/23 21:14
17F：→ blence: 要做到genome-wide,涵蓋率要有代表性,感謝樓上補充 03/23 21:15