作者WinnieDad (小熊維尼的天才老爹)
看板Biotech
標題請問收到定序結果檔案後…
時間Fri Feb 13 14:04:05 2015
請教各位先進，一般你們收到定序的結果檔案後（.abi檔及.txt檔），會自己再
用如VectorNTI的軟體讀.abi檔後重組出contig（假設每個PCR產物樣本都做forward
及reverse兩端定序），還是就信了廠商那邊機器讀出來的序列，直接拿.txt裡的
序列去作後續分析？我個人通常是會用軟體自行重組，看著chromatogram過濾掉
低QV的位置或是人腦判讀forward和reverse組合起來不同的點的序列等等。因為
目前需要做的多為phylogenetic analysis和族群基因分析，很怕幾個位置若是廠
商的機器判讀錯誤，會影響最後的親緣關係圖。不過這樣做法耗神耗時，所以才
想請教各位的作法如何？謝謝。
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1F：推 jabari: 肉眼align QwQ 02/13 15:34
2F：推 jabari: 題外話 量大的話不打算設計個HRM直接看嗎? 02/13 15:41
3F：→ WinnieDad: HRM的結果能用來畫phylogenetic tree或做population 02/13 15:47
4F：→ WinnieDad: genetic analysis嗎？ 02/13 15:47
5F：推 jabari: 嗯...如果要作到tree的話不行.. snp倒行 02/13 16:53
6F：推 jabari: 應該說看你的片段variant有多少 如果不是snp等級 而是inde 02/13 16:55
7F：→ jabari: l或是repeat. 那只能乖乖比對... 而且如果你的序列有含het 02/13 16:55
8F：→ jabari: erozygote的部份 更只能乖乖看ab1.. 02/13 16:55
9F：→ jabari: 之前我們lab有這樣確認過怪怪的indel跟substrains orz 02/13 16:56
10F：→ jabari: 不過呢...真的別相信txt檔啊... 一定得回去看ab1(還是abi? 02/13 16:58
11F：→ jabari: ?) 02/13 16:58