作者jmrla (我和你走散了。)
看板Biotech
標題[求救] 有關GC rich的PCR
時間Sun Feb 1 13:02:34 2015
實驗中一直遇到某基因處理藥物後的表現無法有一致性
曾經做過幾次預期的結果
卻近幾次都做不出這些結果
曾經懷疑幾個原因
目前覺得可能跟GC rich有關
之前也是有p過其他GC rich的片段
大致都是沒有GC rich buffer就完全p不出來
加了GC rich buffer就p得出來
而我現在遇到這個某基因
則是有時候p得出來有時候p不出來(在都沒有加GC rich buffer時)
想詢問GC rich片段會有這樣的情況嗎
謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.4.203
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1422766957.A.2C8.html
1F：→ blence: 是不是GC rich並不是二分切半,而是一個比例 02/01 18:11
這個我說明一下
先前是在做這段基因promoter片段時
意外發現他的promoter部分GC比例很高
當時也有回來看CDS的部分
那時候覺得可能CDS部分GC比例不高
就沒有懷疑GC rich原因
現在因為一直做不出一致性(甚至基因表現一下有一下沒有)
又回來懷疑是GC rich原因
而且算了一下promoter和CDS的GC比例差不多
所以覺得是不是GC rich
2F：推 qiet: 要測表現的話應該可以挑其他片段吧, 避開GC rich region 02/01 18:55
因為CDS不長
所以避不大開T_T
目前是好奇如果PCR遇到GC比例較高的片段
GC rich buffer的有無
對於PCR結果是全有全無
還是機率問題呢
謝謝:)
※ 編輯: jmrla (140.112.4.203), 02/01/2015 19:51:20
3F：→ blence: 這麼說好了,假設80%是rich,50%是一般,難道沒有70%,65%嗎？ 02/01 20:48
4F：→ blence: 我的意思是GC rich本來就不是二分切半,而是一個相對比例 02/01 20:48
5F：→ blence: 怎會用有無rich這種類別變向,來描述連續變向對PCR的影響呢 02/01 20:51
6F：→ blence: 另外,多數時候你可能只用一般buffer發現有產物就看結果了 02/01 21:00
7F：→ blence: 不會每次都拿GC buffer來比較,當然才容易遇到全有全無 02/01 21:01
8F：推 jabari: ....那就買個GC專用的Taq吧QwQ... 02/02 14:05