作者kuochuwon (黑輪桑~ YO)
看板Biotech
標題[求救] 如何證明我clone的promoter是對的
時間Thu Jun 26 23:51:01 2014
各位版友好,想請問有關promoter prediction的問題
爬過版上許多和promoter有關的文和相關paper
都無法順利解決我的疑問
最近教授給我一個工作,是要從zebrafish genome中找出sox2的promoter sequence
再將這些sequence後面加上GFP送入zebrafish embryo表現
目前我從NCBI取得zebrafish sox2 gene full sequence後
推測promoter應在轉錄起始點ATG前面數kb的區段
我的問題是
1.目前我的作法都正確嗎(也才做一步 冏)
2.我該如何證明我複製出來的sequence就是我要的sox2 promoter sequence呢
或是該進行何種實驗,用何種理論說服
因為學長質疑就算我複製出來,然後打入斑馬魚細胞也有螢光
我要怎樣證明它不是其他基因的產物
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1F：推 firstfrost:NCBI都有序列了...還質疑你? 你複製出來的序promoter序 06/27 00:09
2F：→ firstfrost:列拿去定序之後再比對NCBI database 06/27 00:10
3F：→ firstfrost:如果序列一樣會有人說你錯嗎? 06/27 00:11
4F：→ firstfrost:話說本來斑馬魚本身的基因就不會產生螢光 加入control 06/27 00:12
5F：→ firstfrost:vector 和有promoter的plasmid一比較 不就好了 06/27 00:13
6F：→ kuochuwon:感謝回應,我記得我學長問的其中一個問題,是我複製出來的 06/27 00:15
7F：→ kuochuwon:sox2的upstream sequence有可能是前面基因的downstream 06/27 00:16
8F：→ kuochuwon:sequence 06/27 00:16
9F：推 firstfrost:我的認知是真核細胞promoter的位置在DNA序列中離基因序 06/27 00:29
10F：→ firstfrost:列不會太遠 Activator或Enhancer的序列才會離基因序列 06/27 00:31
11F：→ firstfrost:遠一點 06/27 00:31
12F：→ kuochuwon:好的謝謝~ 也希望有人可以給更多意見 06/27 00:33
13F：→ firstfrost:所以我認為SOX-2基因upstream的DNA序列應該就是SOX-2 06/27 00:33
14F：→ firstfrost:專屬的promoter序列 06/27 00:34
15F：→ blence:樓上說的不完全是，尤其是像這樣選超過一定長度的seq 06/27 00:36
16F：→ blence:我們手上的例子，一個gene上游的promoter,也是是前個gene 06/27 00:37
17F：→ blence:的downstream enhancer 06/27 00:38
18F：→ blence:我覺得要看你的實驗目的，單一這篇文章,只要把研究目的修成 06/27 00:39
19F：→ blence:探討這段upstream seq的transactivated activity就沒問題了 06/27 00:40
20F：→ blence:另外paper有時也會用putative sox2 prom seq來描述這段序列 06/27 00:43
21F：推 firstfrost:所以就要做promoter seq 的deletion...聽起來就好累 06/27 00:43
22F：→ kuochuwon:first大 你說的方法是篩選出真正sox2 promoter的方法嗎 06/27 00:54
23F：→ kuochuwon:我是這方面的新手,畢業後暑假剛進實驗室,這方面資料會 06/27 00:57
24F：→ kuochuwon:不會很難找阿@@ 06/27 00:57
25F：推 huuban:我也碰過往上游走結果直接撞到前一個基因的~xDD 06/27 01:47
26F：推 rsggsr:為什麼不試試BAC? 07/02 13:40
27F：→ xxtomnyxx:first 說的應該是 clone 一大段可能的 promoter 序列， 07/02 18:36
28F：→ xxtomnyxx:然後階段的從 5' 端把序列縮短，看減到哪裡基因不表現， 07/02 18:37
29F：→ xxtomnyxx:就表示減掉的序列裡有調控 sox2 表現的重要序列。 07/02 18:38