作者silverberry (平行線上的交集....)
看板Biotech
標題[求救] 第二代 Lenti packing system 質體純化
時間Wed Jun 4 05:07:40 2014
最近新手上路 lentivirus transfection 做 iPS
接到的第一個任務是準備 packing 用的載體 psPAX2 和 pMD2.G
https://www.addgene.org/mammalianrnai/Packaging/
2nd generation system deposited by the Trono lab
實驗室的學妹之前純化這兩個載體,
是從 -80 glycerol cell stock (stbl3 strain) 養小量 0.5 mL 半天,
然後傍晚放大到 200 mL overnight 到隔天,
用 Qiagen 的 Hispeed midiprep 純化,
最後分別得到 ~25 和 100 ug 的載體。
遠遠不夠接下來的實驗需要。
(實驗室用的比例是 15 ug psPAX2 + 5 ug pMD2.G + 30 ug pLOVE-gene into 1 plate
至少要 8 個 plate)
我懷疑是 glycerol cell stock 不行了,
所以新 transform 的 colony 養小量然後放大成 400 mL,
隔天把 400 mL 的 culture 分成兩部分,
其中的 5 mL 用 Qiagen 的 Miniprep 抽成 50 uL plasmid;
剩下的用 Hispeed midiprep 純化成 1 mL。
結果 5 mL 分別抽出 ~100 ug 和 ~37 ug 的 psPAX2 和 pMD2.G
但是 midi 只抽出 ~23.5 ug和 ~95 ug 的 psPAX2 和 pMD2.G (定量都是用 nanodrop)
Miniprep 的 column 理論上是 20 ug 的 binding capacity,
而 hispeed 是 200 ug。
不管怎麼算都很覺得有點奇怪。
三天後,我用新轉的 colony 重新養小量 30 mL,
用 miniprep 重抽一次 (分成 6 管),
結果分別得到 ~20 ug 和 ~50 ug 的 psPAX2 和 pMD2.G
到這裡,實在卡關了,
Addgene 上面說這個載體是 high copy,
根據 QIAGEN 的說法,理論上會有 3-5 ug DNA/ml LB culture。
看看自己這幾次的操作,
只有新鮮 transform 的那天的 5 mL 抽出理想的量,
其他都遠低於理論產量。
請問版上的大家,
我該怎麼改善我的步驟才能得到合理量的載體?
先謝過大家 m(_ _)m
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 134.84.54.178
※ 文章網址: http://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1401829665.A.04C.html
1F:→ grox:感覺是Midiprep kit/抽取問題...常抽這些plasmid也沒原po情況 06/04 07:25
2F:→ roy047:該midi抽其他plasmid正常嗎? 06/04 08:07
3F:→ silverberry:midi 抽 pLOVE 產量大約是 mini 的一半到七成 06/04 09:26
4F:→ silverberry:除了這些載體以外,其他載體很少需要這麼多, 06/04 09:28
5F:→ silverberry:所以也沒有比較的依據。 06/04 09:28
6F:→ silverberry:可以請問 grox 大那個小飛碟 elute isopropanol 沉澱 06/04 09:30
7F:→ silverberry:DNA, 有沒有什麼需要注意的技巧? 06/04 09:32
8F:→ silverberry:不過 kit 也快用完了,看看換新的 kit 會不會有差! 06/04 09:34
9F:→ silverberry:感謝^^ 06/04 09:34
10F:→ grox:加完三種buffer變蛋花湯後離心, 取上清液時個人習慣用濾紙過 06/04 09:35
11F:→ grox:濾...不能讓渣渣掉到column內, 不然會塞住, elution時DNA變少 06/04 09:36
12F:→ grox:Isopropanol加進去離之前要輕輕震盪破壞分層再離...離完應該 06/04 09:37
13F:→ grox:看得到pellet, 小心不要lost....目前想到大概這些吧 06/04 09:37
14F:→ grox:因為Midi相較於Mini容易有些小地方導致失敗, 所以要注意 06/04 09:38
15F:→ silverberry:感謝 grox 大! 我會注意這些細節再試試看~ m(_ _)m 06/04 11:10
16F:推 chaunen:應該不用stbl3吧? 可以用尼龍網篩濾渣(40 70 100um隨便) 06/09 14:23
17F:推 chaunen:用完洗過 泡鹽酸1N 滅菌 可重複用 06/09 14:24
18F:推 chaunen:我只有pLKO用stbl3 packing用的8.91 MD.G 都用一般 06/09 14:27
19F:推 chaunen:3種buffer加完可以on ice shack 30mins ~100rpm 06/09 14:32
20F:→ chaunen:渣渣最好變成蛋花湯 不是蛋包湯 lysis不完全產量低很多 06/09 14:35
21F:→ chaunen:三種buffer加多一點 10ml>15ml for 1.5g pellet 濕重 06/09 14:39
22F:推 chaunen:400ml菌液應該夠抽2個maxi了吧 06/09 14:45
23F:→ chaunen:堤外,有沒有推薦的endo-free mini kit? 做transfection用 06/09 14:47
24F:→ silverberry:感謝 c 大,pMD2.G 和 psPAX2 我們是用 DH5 alpha 06/11 12:01
25F:→ silverberry:只有 LTR 的用 stbl3。 06/11 12:01
26F:→ silverberry:我們 transfection 用的也是 qiagen 的,最近我剛要 06/11 12:02
27F:→ silverberry:測試 Zymo 和 invitrogen。 06/11 12:03
28F:→ silverberry:看看好不好用再跟大家分享 06/11 12:04