作者sylvialalala (sylvia)
看板Biotech
標題[求救] 用REAL-TIME PCR偵測CNV
時間Thu Mar 27 21:47:09 2014
不曉得有沒有人用過real-time pcr detect CNV (copy number variances)
目前是用sybr green (taqman太貴無法負擔)
但是疑似是one copy的gene有variation
ex. reference gene 4倍dilution: Ct-19, 21, 23
target gene 4倍dilution: Ct-19.03, 21.03, 23.03
老闆argue說為什麼有variation
去看別的Paper
大部分的paper都只有看efficiency(看斜率)還有R2,
有些有提到測試不同濃度的primer (100nM-900nM),取最低的Ct還有斜率最好的直線
可是我今天試了不同濃度primer (200-900nM), 有的primer自己會差到一個cycle
想請問有做過cnv的大家都怎麼解決variation的問題
謝謝!!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.29.236
※ 文章網址: http://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1395928032.A.EC1.html
1F：推 jabari:改用飽和螢光試試 去跟biorad要eva green試 03/29 07:08
2F：→ jabari:因為用sybr當low或high CT時不一定能代表copy number. eff 03/29 07:09
3F：→ jabari:不會接近2 用飽和螢光的話初始變化較明顯 03/29 07:10