作者jessicada (Besilence)
看板Biotech
標題[求救] Phylogenetic tree之後續分析應用
時間Mon Mar 17 00:00:18 2014
首先謝謝各位高手願意右轉此篇文章......
事情是這樣的，
目前手上有一條已知序列，利用BLASTX及ClustalX
已找出與該序列相似度較高的其它胺基酸序列
請問各位會依此發展出何種較有研究份量的分析應用呢？
老闆說可以比較不同物種之高保留度的domain或motif......then？
因為碩班畢業時間迫在眉睫，bench work是暫不考慮了
希望能用生物資訊，大量整理文獻的方式生出個data
懇請各位高手給些意見了，萬分感激不盡！
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 163.24.254.214
1F：推 liuse:你這序列是已知的gene還是未知的gene?你要看的方向是? 03/17 02:30
2F：→ liuse:演化?可能功能角色?結構? 03/17 02:30
3F：→ jessicada:比對後已可推測該gene與abc transporter相關；請問以功 03/17 05:01
4F：→ jessicada:能或結構上來說，還能用這些比對做出哪些的data呢？ 03/17 05:01
5F：→ Ianthegood:abc的功能實在太廣泛了 就朝一個想要的方向多嘴砲 03/17 10:21
6F：推 jabari:朝一個方向 @w@ trans 或 cis 這種嗎? >///< 03/17 18:43
7F：→ puec2:1. 找在abc transporter上做突變探討功能的paper 03/17 23:12
8F：→ puec2:2. 比對你的gene在相對應的位置上是什麼氨基酸 03/17 23:13
9F：→ puec2:3. 根據特定點氨基酸種類的異同，討論你的基因的可能功能 03/17 23:14
10F：→ puec2:有認識人的話，可以取一段與已知結構蛋白質序列相似的 03/17 23:15
11F：→ puec2:motif出來做modeling XD 03/17 23:15