※ [本文轉錄自 PhD 看板] 作者: alexflybaal (Evanescance) 站內: PhD 標題: Re: [問題] promoter 分析問題 時間: Sun Sep 28 02:10:13 2008 ※ 引述《flywind1209 (飛翔風~)》之銘言： : 想請教做 gene regulation 的專家,在分析promoter時,除了要考慮到sense DNA : 也要考慮antisense strand DNA sequence 嗎? (假設X gene位於 sense strand DNA) : 接著問,假設調控X基因的 transcription factor有6個,會發生下列情形嗎 : 其中4個在 sense 剩下2個在 anti-sense,也就是分布在不同的strand DNA上... : 因為沒遇過,也不曉的實際情形是怎樣,請專業的朋友來解答囉,感激不盡! 我分享一下我的經驗 當你clone到你的promoter後 你應該會用GCG或是像TESS的網站收尋你的調控位置 也有可能藉由其他的paper所提供transcription factor binding site的序列 利用一些像DNA star或是VectroNTI或是workbench等 畫出可能的transciption factor binding site的分佈 這個部份一定會出現sense以及antisense的分佈 不過這是正常的 你應該要搞清楚的是 你現在是進行的cis regulation的研究 實際上妳要驗證promoter上哪個部分是調控的部份 可以進行幾個實驗 footprinting -- 可以找出promoter上哪些部份會與transcription factor 結合, 做出分佈, 這個實驗不好作, 有時候結果不好看出 Dual leuciferase assay -- 這個是promega的kit, 不過還蠻昂貴的, 需要 冷光儀, vector自己買, transfection reagent 自己買, 還要避免用到不適合的cell line 上面二選一即可 EMSA -- 當你找到某個promoter區域可能跟某些transcription factor結合 妳可以利用這個實驗, 驗證某個transcription factor會與你所找到 的區域結合 再來就是一些transcription factor活化, 基因表現的實驗 介紹一本不錯的書 Methods in molecular biology v.130 Transcription factor protocols / edited by Martin J. Tymms. 裡面應該會有你所有會進行promoter研究的實驗方法和概念 那麼就預祝實驗順利囉 --

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