作者HIbaby (燃烧吧! 嗨~北鼻!)
看板Biotech
标题Re: [问题] promoter 分析问题
时间Sun Sep 28 19:23:51 2008
※ [本文转录自 PhD 看板]
作者: alexflybaal (Evanescance) 站内: PhD
标题: Re: [问题] promoter 分析问题
时间: Sun Sep 28 02:10:13 2008
※ 引述《flywind1209 (飞翔风~)》之铭言：
: 想请教做 gene regulation 的专家,在分析promoter时,除了要考虑到sense DNA
: 也要考虑antisense strand DNA sequence 吗? (假设X gene位於 sense strand DNA)
: 接着问,假设调控X基因的 transcription factor有6个,会发生下列情形吗
: 其中4个在 sense 剩下2个在 anti-sense,也就是分布在不同的strand DNA上...
: 因为没遇过,也不晓的实际情形是怎样,请专业的朋友来解答罗,感激不尽!
我分享一下我的经验
当你clone到你的promoter後
你应该会用GCG或是像TESS的网站收寻你的调控位置
也有可能藉由其他的paper所提供transcription factor binding site的序列
利用一些像DNA star或是VectroNTI或是workbench等
画出可能的transciption factor binding site的分布
这个部份一定会出现sense以及antisense的分布
不过这是正常的
你应该要搞清楚的是 你现在是进行的cis regulation的研究
实际上你要验证promoter上哪个部分是调控的部份
可以进行几个实验
footprinting -- 可以找出promoter上哪些部份会与transcription factor
结合, 做出分布, 这个实验不好作, 有时候结果不好看出
Dual leuciferase assay -- 这个是promega的kit, 不过还蛮昂贵的, 需要
冷光仪, vector自己买, transfection reagent
自己买, 还要避免用到不适合的cell line
上面二选一即可
EMSA -- 当你找到某个promoter区域可能跟某些transcription factor结合
你可以利用这个实验, 验证某个transcription factor会与你所找到
的区域结合
再来就是一些transcription factor活化, 基因表现的实验
介绍一本不错的书
Methods in molecular biology v.130
Transcription factor protocols / edited by Martin J. Tymms.
里面应该会有你所有会进行promoter研究的实验方法和概念
那麽就预祝实验顺利罗
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◆ From: 118.160.137.199
1F：推 flywind1209:谢谢A大详细的解说 所以两股都要考虑进去罗^^ 09/28 02:12
2F：→ flywind1209:还少了一个很重要的实验喔>> ChIP 09/28 02:12
3F：推 HIbaby:帮转 biotech 09/28 19:23
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◆ From: 133.11.198.91
4F：推 hajimels:推一个~ 09/29 13:16
5F：→ hajimels:推原作者及转过来的HIbaby 09/29 13:17