作者huggie (huggie)
看板Biotech
標題[求救] 分析 SNP 的軟體?
時間Wed Jan 9 01:23:18 2008
有找 single nucleotide polymorphism 的軟體嗎?
假設我有 兩個 whole genomes 或者是 contigs 然後
我想要找 ORF 內的 SNP，要知道 synonymous 或者是 non-synonymous 的問題
但也要考慮 frameshift, 如果是 shift 掉就不分析
如果是 shift 回來就繼續分析
我自己寫了一個..不過發現考慮 frameshift 的問題之後
就比想像的困難太多了
寫是寫完了...可是發現結果不對..
因為 nsSNP 筆 sSNP 多太多了... orz
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62
1F：推 fc01:你這是要寫博士論文??? 01/09 03:37
2F：推 fc01:我們實驗室有人碩論題目就是用生物資訊工具找SNP... 01/09 03:40
3F：→ fc01:基本上光是確認序列的品質就是大工程了.... 01/09 03:41
4F：→ huggie:我是沒有考慮序列品質的問題..只是用 UCSC BLAT完比對 01/09 12:40
5F：→ huggie:然後自己再做計算. 01/09 12:40
6F：→ huggie:曾用過 MUMmer 去做, 但他沒有考慮 synonymous 與否的問題 01/09 12:40