作者giooy ()
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標題[求救] 基因體學期末報告請幫幫我
時間Sun Dec 23 22:10:50 2007
【問題】：GC contents of Burkholderia pseudomallei 1710b chromosome 1
有存在著high GC contents region & low GC content region
1.What genes were located in these region?
2.Have codon usage changed?
3.What phylogenetic relationships were presented amongst
Burkholderial
species with these genes?
【問題起因】：基因體學作業
【個人看法】：第一題的作法是先連結到
http://cmr.tigr.org/tigr-scripts/CMR/CmrHomePage.cgi
之後經過下列連結Genome tools=>Analysis tools=>% GC content
display=>1. Select an organism and DNA molecule:找到
chromosome 1 Burkholderia pseudomallei 1710b後按下submit送
出資料後即呈現% GC display，我找了5段high&low region下
手，找到一些genes，是否gene symbol就是第一題的答案?
第二題的作法:將找出來的genses做codon usage，將之與
Burkholderia pseudomallei1710b整段genome比對Codon Triplet
可是這裡我有些問題 :
1. 比對的依據為何?要有多大的波動，我們才可以判斷這些 gene的codon usage有變動
2. 將一個gene與整段genome比對的想法對嗎?
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