作者pigy (pigy)
看板Biotech
標題Re: [問題] DNA Fasta 檔內字母大小寫有啥不同啊?
時間Sat Mar 25 09:49:01 2006
※ 引述《LinusChen (小強一號原型機)》之銘言：
: 在NCBI所download的fasta裡面的序列有大小寫之分
: 請問有人知道有什麼差異嗎?
: 因為在使用blastall的選項裡面有一個是濾掉小寫的
: 有什麼特別原因嗎?
我好像沒碰過NCBI網站上有大小寫的情況，
所以你是直接download整個database（DNA)嗎？
有可能是一些base calling的程式，比如說phred，
會把low sequencing quality的base用小寫表示，
這時你跑blastall -U 就可以濾掉quality差的序列不要對。
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