關於細胞內的酵素反應，大多數還是靠分子間隨機碰撞來達成 少數會在酵素複合體中一次完成多個步驟 隨機碰撞的參數不是很容易估計，因為跟溫度還有酵素的位能井有關 不過酵素跟受質的密度是相對好估計的 以氨基酸來說，細胞中有20種合成蛋白的氨基酸 每一種的濃度都在 1 mM 以上，也就是每 1 um^3 的體積內有超過一百萬個氨基酸分子 或說每 (10 nm) 立方的體積就有一個氨基酸分子 另一方面，核糖體的直徑大約是 30 nm， 所以可以想像每個核糖體隨時隨地周圍都有數百個氨基酸， 每一種氨基酸大約有10-20個分子，這樣的密度是很高的 當然，密度不能直接推論到碰撞頻率，這中間還有很多理論 因為氨基酸這種小分子的擴散速率很快，一秒內的機率分佈就遍佈 1 um^3 的體積 直覺上，中間有機會碰撞到的核糖體應該也很多 但不是所有碰撞都是有效碰撞，還要看分子的 orientation 跟酵素活性口袋的大小 實驗數值推斷上，蛋白質多肽合成的速率，在細菌裡面大約是每秒10個氨基酸 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1164221/ 印象中真核生物的速率更低一些。 這個速率會比上述的碰撞頻率更低，因為酵素反應本身也會需要一定時間 ※ 引述《hwider (海裡的星辰)》之銘言： : ※ [本文轉錄自 ask-why 看板 #1UoHldiG ] : 作者: hwider (海裡的星辰) 看板: ask-why : 標題: [請益] 細胞裡面組裝蛋白質的材料會剛好靠過來 : 時間: Sat May 23 20:49:41 2020 : 我一直有個疑問，還沒得到解答，就是 : 1.細胞裡面胺基酸的濃度分布圖， : 2.以及為什麼核糖體在組裝多肽鏈時，胺基酸會自動靠過來？ : 3.還有RNA轉錄轉譯時，為什麼哪些材料會自動靠過來？ : 個人閉門造車的想，1.可能哪些胺基酸分布的位置就在核糖體所在的空間中，所以局部胺基 : 酸濃度特別高。並且，此局部細胞質裡面有液態地流動，讓各種胺基酸沖刷，讓核糖體有機 : 會碰到需要的胺基酸。 : 其餘2.3.可能也是同樣原理，只是不曉得對不對。 -- 1. 似乎在高中學過...的公式 7. 你能測度真正的內心嗎? 2. 那真是太令人高興了 8. 我，真是個笨蛋 3. 已經沒什麼好學習的了 9. 那樣的公理，我絕不容許 4. 極限、微分，都是存在的 10. 再也不可數的空間維度 5. 怎麼可能會發散 11. 最後收歛的 Banach space 6. 不可積絕對很奇怪啊 12. 我最愛的連續函數 <實分析少女小圓> --

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