作者LUSRICH (ININ)
看板Bioindustry
問題[問題] 請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定 NGS或MOLDI
時間Thu Jan 18 01:53:08 2018
請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定時，
該選擇
NGS或MOLDI -TOF呢
送驗之樣本用這兩種方式測到不同的結果
故有此困惑，先感謝版大們之解惑了！！
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※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:53:56
※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:55:14
※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 02:07:30
1F：推 sunnylaba: 可以po到Biotech版問看看 01/18 08:18
2F：推 rossy: NGS看基因體序列 MALDI-TOF看蛋白質 一般都先定序然後做Phy 01/18 12:36
3F：→ rossy: logenetic tree去看看這些菌屬於哪一類 01/18 12:36
4F：推 ChesterYeah: Maldi-tof 你目的要做什麼？前處理是？ 01/18 13:08
5F：→ ChesterYeah: 沒有target 就沒有特定要看什麼的話， 01/18 13:10
6F：→ ChesterYeah: 你只會看到一些不知道是什麼的東西 01/18 13:10
7F：→ ChesterYeah: 這些東西不只會是蛋白質 01/18 13:11
8F：→ ChesterYeah: maldi told 要看核苷片段也是可以的，需要比對數據庫 01/18 13:12
9F：→ ChesterYeah: 看蛋白表現就需要水解，電泳或否，上機，比對資料庫 01/18 13:13
10F：→ LUSRICH: 感謝版大們回覆 01/18 21:49
11F：→ LUSRICH: 我送驗的樣本是含多種未知菌的複合樣本 01/18 21:49
12F：→ LUSRICH: 故先送NGS檢測後 01/18 21:49
13F：→ LUSRICH: 驗出其中有腸球蔨屬之糞腸球菌，於是委託廠商以腸球蔨屬 01/18 21:49
14F：→ LUSRICH: 的培養基分離，並再以malditof蛋白圖譜去鑑種作二次確認 01/18 21:49
15F：→ LUSRICH: ，結果打出來的93個點都顯示是另一種菌：耐久腸球蔨，接 01/18 21:49
16F：→ LUSRICH: 下來就卡關了 板大們建議以何種方式往下驗證呢？感激不盡 01/18 21:49
17F：推 ChesterYeah: 93個點 你是指maldi 的plate還是？以及處理方式？ 01/19 08:46
18F：→ LUSRICH: C大您好 感謝您 我剛剛與廠商確認了這個問題 01/19 17:18
19F：→ LUSRICH: 我們當時係以腸球蔨屬培養基上的colony們挑了93個點打哦 01/19 17:18
20F：→ LUSRICH: 第94個樣本以Ecoli當對照 01/19 17:18
21F：推 ChesterYeah: 活菌直接上機嗎？還是有萃取？前提是你選擇培養基上 01/19 17:36
22F：推 ChesterYeah: colonies 是純菌株，然後有無萃取步驟或是直接混基 01/19 17:38
23F：推 ChesterYeah: 然後同一盤上面的點最好也挑去做colony PCR 確認一下 01/19 17:40
24F：推 ChesterYeah: 有種情況是看似single colony 但卻是重疊 01/19 17:42
25F：→ ChesterYeah: 若不是，基本上Maldi都只能當作佐證；NGS就看做多深 01/19 17:43